Bioinformática Molecular Curso Prático Online

Código:

BioInfOn

Sigla:

BioInfOn

Áreas Científicas
Classificação	Área Científica
CNAEF	Saúde

Ocorrência: 2023/2024 - SP (de 29-01-2024 a 02-02-2024)

Ativa?	Sim
Unidade Responsável:	Departamento de Biomedicina
Curso/CE Responsável:	Bioinformática Molecular Curso Prático Online

Ciclos de Estudo/Cursos

Sigla	Nº de Estudantes	Plano de Estudos	Anos Curriculares	Créditos UCN	Créditos ECTS	Horas de Contacto	Horas Totais
BioInfOn	20	Plano Oficial do ano letivo 2021	1	-	2	18	54

Língua de trabalho

Português - Suitable for English-speaking students

Objetivos

- Adquirir conhecimento teórico sobre ferramentas bioinformáticas e procedimentos de análise de dados moleculares e experimentais frequentemente utilizados no âmbito das Ciências da Vida e da Saúde;

- Aprender “hands on”, utilizando um computador, de várias ferramentas de software disponíveis de forma livre para acesso a bases de dados e análise molecular de sequências e dados experimentais.

- Obter competências de interpretação dos resultados de forma crítica, compreendendo as capacidades e limitações das ferramentas bioinformáticas.

A aquisição destas competências é necessária ao desenho e desenvolvimento de projetos de investigação.  Além disso, permitem a compreensão do trabalho realizado por outros investigadores e promovem o estabelecimento de colaborações.

Resultados de aprendizagem e competências

- Dominar conhecimentos essenciais de análise bioinformática;

- Utilizar autonomamente as ferramentas apresentadas, compreender as suas vantagens e limitações, e interpretar os resultados das análises bioinformáticas de forma assertiva.

 

Pertinência desta Unidade de Formação Contínua:

A Bioinformática é uma ciência que integra conceitos de biologia, matemática, estatística e ciência de computadores e dedica-se ao estudo de questões biológicas através da análise de dados moleculares.

A Bioinformática é essencial para o armazenamento de dados biológicos (os quais crescem exponencialmente), disseminar informação em plataformas baseadas na Web, e analisar e interpretar dados experimentais.  Dada a sua importância no panorama da investigação e desenvolvimento, tem sido feito um forte investimento em projectos como o National Center for Biotechnology Information (NCBI), o European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI) e o National Institute of Genetics (NIG), por parte de agências de financiamento nos Estados Unidos, Europa e Japão, respetivamente, para o desenvolvimento de repositórios e de ferramentas bioinformáticas que permitam lidar com a abundância de informação de forma a não comprometer a sua disseminação, análise e desenvolvimento. Assim, a Bioinformática é uma área do conhecimento em constante desenvolvimento e atualização. Desta forma a criação do curso de Bioinformática Molecular é pertinente não só tendo em vista a formação dos estudantes de pré e pós-graduação mas também à formação complementar dos profissionais e técnicos na área da investigação e saúde.

 

Modo de trabalho

À distância

Pré-requisitos (conhecimentos prévios) e co-requisitos (conhecimentos simultâneos)

É necessário um computador para participar no curso. Deverá estar conectado à internet preferencialmente por cabo, equipado com câmera e a aplicação Zoom instalada.

Programa

O Curso contém cinco sessões teórico-práticas realizadas em dias consecutivos onde são ministrados os seguintes conteúdos programáticos:

- Sessão nº 1 – Bases de dados contendo sequências: introdução, exemplos, comparação, recolha de dados. Ensembl e UCSC Genome Browsers. Exercícios práticos I.

- Sessão nº 2 – Comparação de sequências: ferramentas para alinhamento e procura de similaridade, homologia, motivos e domínios proteicos. Exercícios práticos II.

- Sessão nº 3 – Análise de sequências: predição de propriedades biológicas a partir de sequências de DNA, RNA e proteína. Desenho de primers para clonagem e análise de expressão de genes. Desenho de siRNAs. Mapas de restrição enzimática. Exercícios práticos III.

- Sessão nº 4 – Ontologia genética: predição de processos biológicos enriquecidos a partir de experiências de rastreio em larga escala. Repositórios de dados de expressão genética.  Exercícios práticos IV.

- Sessão nº 5 – Integração de dados biológicos: consulta de vários bancos de dados em simultâneo. Análise de variações de sequência e mutações associadas a doenças. Exercícios práticos V.

Bibliografia Obrigatória

Jin Xiong; Essential Bioinformatics, Cambridge University Press, 2006. ISBN: 113945062X
Cook, C. E., Bergman, M. T., Cochrane, G., Apweiler, R., & Birney, E; The European Bioinformatics Institute in 2017: data coordination and integration, Nucleic Acids Res, 2018. ISBN: doi:10.1093/nar/gkx1154
Coordinators, N. R; Database resources of the National Center for Biotechnology Information, Nucleic Acids Res, 2018. ISBN: doi:10.1093/nar/gkx1095

Bibliografia Complementar

Mashima, J., Kodama, Y., Fujisawa, T., Katayama, T., Okuda, Y., Kaminuma, E., Takagi, T; DNA Data Bank of Japan, Nucleic Acids Res, 2017. ISBN: doi:10.1093/nar/gkw1001

Métodos de ensino e atividades de aprendizagem

Este é um curso combina a exposição, para cada tópico, dos conceitos teóricos e ferramentas bioinformáticas disponíveis, a demonstração prática destas ferramentas e a sua aplicação pelos estudantes no ambiente de trabalho de um computador para a resolução das questões científicas propostas. A aprendizagem será feita por contacto direto com os programas bioinformáticos.

Dado que as ferramentas a serem lecionadas são de acesso livre, os estudantes não terão qualquer dificuldade em resolver os problemas propostos durante o período de trabalho autónomo, bastando para isso ter um computador com aceso à internet.

Palavras Chave

Ciências Naturais > Ciências biológicas > Biologia > Biologia molecular
Ciências Naturais > Ciências biológicas > Biologia > Genética
Ciências da Saúde > Ciências Médicas > Medicina > Diagnóstico

Tipo de avaliação

Avaliação distribuída sem exame final

Componentes de Avaliação

Designação	Peso (%)
Trabalho escrito	100,00
Total:	100,00

Componentes de Ocupação

Designação	Tempo (Horas)
Estudo autónomo	36,00
Frequência das aulas	18,00
Total:	54,00

Obtenção de frequência

Assiduidade: pelo menos 75% das horas de contacto.

Fórmula de cálculo da classificação final

A avaliação tem em conta o seguinte elemento: trabalho escrito individual tendo por base a resolução dos problemas propostos (RPP) nas cinco sessões TP.

A avaliação é expressa numa escala de 0 a 20 valores e calculada de acordo com a seguinte fórmula:

Classificação final = RPP (TP1 + TP2 + TP3 +TP4 + TP5) / 5