No que respeita à divisão em termos das grandes áreas do conhecimento, delimitadas em função dos objetivos próprios e de metodologias e técnicas de investigação científica, a FEUP está organizada em seis departamentos.
Os departamentos da FEUP possuem como órgãos de gestão um conselho do departamento e uma comissão executiva, subdividindo-se em secções, sempre que a sua dimensão e a pluralidade das áreas científicas compreendidas o recomende, podendo ainda existir núcleos de investigação departamentais.
Os departamentos são as unidades da Faculdade onde se agrupam os recursos humanos e materiais associados às grandes áreas da Engenharia e das Ciências Aplicadas, delimitadas em função de objetivos próprios e de metodologias e técnicas de investigação específicas. Aos departamentos compete, nomeadamente, o ensino nos cursos de 1º, 2º e 3º ciclos da FEUP, a investigação científica e desenvolvimento tecnológico, a difusão e valorização de resultados da investigação e a prestação de serviços ao exterior.