O antigo Museu de História Natural, criado em 1996, compreendia 4 núcleos pertencentes ao acervo da Faculdade de Ciências da Universidade do Porto: a Sala de Mineralogia Montenegro de Andrade a Sala de Arqueologia e Antropologia Mendes Correia, e a Sala de Paleontologia Venceslau de Lima, que, até ao final de 2015, tiveram as suas instalações no 1.º piso do Edifício Histórico da Praça de Gomes Teixeira; e a Sala de Zoologia Augusto Nobre, que se acomodava no 3.º piso do Edifício. No final de 2015, o antigo Museu de História Natural da U.Porto fundiu-se com o antigo Museu da Ciência da U.Porto, tendo dado origem ao Museu de História Natural e da Ciência da U.Porto (MHNC-UP).
Esta sala, aberta ao público em 1996 e localizada até 2015 no lado esquerdo do átrio norte do edifício albergava a exposição permanente de amostras de minerais, pedras preciosas, e instrumentos científicos que compunham o acervo visitável da Coleção Montenegro de Andrade.
Na antiga Sala de Mineralogia Montenegro de Andrade, organizada pelo Professor Frederico Sodré Borges e concebida pelo arquiteto Fernando Lanhas, estiveram expostos cerca de 700 minerais provenientes de várias partes do mundo, incluindo volframites e apatites das portuguesas Minas da Panasqueira, quartzos ametista ou esmeraldas do Brasil, e fluorites de Inglaterra, que integram agora o acervo do MHNC-UP.
O Museu de Arqueologia e Antropologia Mendes Correia constituiu um dos polos do Museu de História Natural da U.Porto. A sua origem remonta a 1912, quando a Antropologia começou a ser lecionada na Faculdade de Ciências do Porto.
António Augusto Esteves Mendes Correia, primeiro professor de Antropologia, foi também o primeiro Diretor do então Museu e Laboratório Antropológico. Ao longo da existência do museu, o acervo, agora integrado no MHNC-UP, foi sendo enriquecido com o espólio das escavações dirigidas por Mendes Correia e pelos seus investigadores, bem como pela incorporação de algumas doações.
O espaço museológico outrora ocupado por esta sala correspondia efetivamente àquele em que Mendes Correia começou a instalar, a partir de 1935, a então denominada "Sala de Antropologia Geral e Metropolitana".
Ainda em 1935, Mendes Correia iniciou a montagem de outro museu, concluído cinco anos mais tarde, a que chamou de "Sala de Antropologia Colonial", denominação posteriormente alterada para "Museu do Ultramar". Neste Museu estavam expostas coleções etnográficas das então colónias portuguesas e coleções estrangeiras, entre as quais se destacava, pelo simples facto de ser única em Portugal, a coleção da Melanésia. Foi encerrado em 1974, na sequência do incêndio na ala Noroeste das instalações que à data acolhiam a Faculdade de Ciências da Universidade do Porto, não voltando a reabrir.
Este acervo é constituído essencialmente por espólio arqueológico, coleções de arqueologia, antropologia e de etnografia portuguesas, coloniais e estrangeiras, de numismática e um considerável espólio fotográfico e documental.
O acervo outrora exposto na antiga Sala de Paleontologia Venceslau de Lima inclui fósseis de animais e de vegetais, provenientes de campanhas geológicas iniciadas no final do século XIX e de uma política regular de aquisição de peças, contemplando coleções de referência para o ensino e para a investigação nas áreas da Paleontologia e da Estratigrafia de Portugal.
Deste fazem ainda parte fósseis estrangeiros de variada cronologia e proveniência, invertebrados (trilobites, braquiópodes, bivalves entre outros), vertebrados (peixes, répteis, anfíbios) e fósseis vegetais ("fetos", entre outros).
Este espaço museológico instituído por Augusto Nobre (1890), sob o incentivo de Aarão de Lacerda, albergou, até 2015, um espólio composto por espécimes procedentes da Academia Politécnica do Porto e por outras peças colhidas pelo fundador ou conseguidas através de doações e aquisições.
Do acervo, agora incorporado no MHNC-UP, podem destacar-se as coleções de fauna autóctone de Reis Júnior, as coleções de moluscos (terrestres e aquáticos) do Professor Augusto Nobre, a coleção de borboletas "Maria Amélia", a coleção de coleópteros "Correia de Barros", a coleção de fauna exótica "Braga Júnior". Os espécimes mais populares são a tartaruga-de-couro naturalizada, o esqueleto elefante africano, e o esqueleto de baleia proveniente de um arrojamento na Praia do Paraíso, em Matosinhos (1937), que agora se encontra instalado na Galeria da Biodiversidade – Casa Andresen, Jardim Botânico do Porto, primeiro polo do MHNC-UP a abrir ao público.
Todas as coleções de história natural que se encontram hoje sob a tutela do MHNC-UP estão neste momento a ser submetidas a exaustivos processos de inventariação, tratamento e recuperação.