O primeiro mosteiro beneditino masculino do Porto e, simultaneamente, o último da antiga Congregação Portuguesa, nasceu no Olival, junto da porta da muralha gótica e da judiaria, após autorização régia concedida em 1598.
O projeto foi desenhado por Diogo Marques Lucas, discípulo de Filipe Terzi, e as campanhas construtivas e decorativas decorreram entre 1604 e o início do século XVIII, resultando num majestoso complexo maneirista e barroco, conhecido não só pela sua importância religiosa e artística, mas também pelas atividades culturais, de canto e de música que aí tiveram lugar.
Entre o início do século XIX e o final do século XX, a história desta casa foi tudo menos pacífica. O mosteiro serviu de hospital durante as invasões francesas e, em 1832, durante o Cerco do Porto, altura em que os monges o abandonaram em definitivo.
Em 1834, com a extinção das ordens religiosas, o edifício foi confiscado pelo Estado. Depois dessa data funcionou como Tribunal, até 1864, e ainda como quartel, no qual se instalaram sucessivamente as tropas da Junta do Porto (1846-1847), o Regimento de Infantaria n.º 6, o Batalhão Nacional de Artilharia, o Batalhão de Caçadores n.º 9, o Batalhão de Caçadores n.º 1 e outros serviços militares.
Desocupados, o mosteiro e a sua igreja passaram para o clero secular. A igreja substituiu a Igreja Paroquial de Nossa Senhora da Vitória entre 1833 e 1852, tendo sido depois cedida, em 1853, à Arquiconfraria do Santíssimo Imaculado Coração de Maria.
Na noite de 12 para 13 de março de 1922, o imóvel foi atingido por um incêndio que destruiu a área ocupada pela Casa de Reclusão Militar, pelo Tribunal Militar e polo quartel de dois regimentos (Infantaria 31 e Engenharia). Vinte anos volvidos sobre este episódio, a igreja e parte do edifício claustral foram confiadas ao mosteiro beneditino de Singeverga.
Antes ainda de o incêndio de 1974 danificar o edifício histórico da U.Porto, na Praça de Gomes Teixeira, a Faculdade de Economia, que também se encontrava nele instalada, pressionara os órgãos de gestão da Universidade para que equacionasse a sua transferência para outro imóvel, atendendo ao número crescente de estudantes.
Fora há pouco tempo que a U.Porto tomara conhecimento de que o edifício onde se encontrava instalado o "Quartel das Taipas" ia ser abandonado pelo Ministério do Exército. E é assim que se explica que, durante a reunião do Senado que decorreu a 30 de março de 1966, os respetivos membros apresentem a sugestão de, a título provisório, transferir a Faculdade de Economia para esse "Quartel", preservando-se embora os direitos da Ordem Beneditina sobre o edifício. O projeto não avançou apesar de, na altura, a população estudantil da FEP já rondar os 1.500 alunos.
Nas décadas de oitenta e noventa do século XX, o mosteiro foi restaurado pelo IPPAR (1984-1990), o que permitiu a reinstalação de uma pequena comunidade de beneditinos, a instalação do Arquivo Distrital do Porto e da Orquestra Nacional do Porto.
Durante o Porto 2001, o claustro nobre foi coberto por uma concha acústica e o pavimento revestido por soalho de madeira. Em 2007, parte da área conventual (ala nascente, parte da ala sul e claustro nobre) foi cedida ao Teatro Nacional São João pelo Estado, para a realização de espetáculos teatrais, concertos e outros eventos da sua programação.