Em abril de 2009 foi instituída pelo Estado uma fundação pública com regime de direito privado denominada Universidade do Porto, aprovada pelo Decreto-Lei n.º 96/2009, DR, I Série, n.º 81 (2009-04-27).
Até então, a Reitoria da Universidade do Porto foi a sede dos Órgãos de Governo da Universidade e nela funcionaram diversos Serviços Centrais.
Os Órgãos de Governo da Universidade do Porto eram constituídos pela Assembleia da Universidade, pelo Reitor, pelo Senado Universitário, pelo Conselho Administrativo e pelo Órgão de Fiscalização.
A Assembleia da Universidade decidia sobre os Estatutos e elegia o Reitor.
O Reitor representava e dirigia a Universidade, presidia a todos os órgãos colegiais e assumia, para além das competências próprias, todas as competências que, por lei ou pelos estatutos, não estavam atribuídas a outras entidades da Universidade. O Reitor era coadjuvado por uma Equipa Reitoral composta por Vice-Reitores, Pró-Reitores e pelo Administrador. Junto do Reitor funcionava o Conselho da Reitoria, na qualidade de órgão consultivo.
Ao Senado competia traçar as linhas gerais de orientação da Universidade, aprovar planos e relatórios, aprovar a criação e extinção de unidades orgânicas e definir toda uma série de normas internas da Universidade. Para além dos membros do senado por inerência, faziam ainda parte deste órgão dez individualidades exteriores à Universidade, representativas dos meios cultural, artístico, científico, económico ou social. O senado podia funcionar em plenário ou por secções - secção permanente, secção académica e secção disciplinar.
O Conselho Administrativo exercia a gestão administrativa, financeira e patrimonial da Universidade, nos termos da legislação em vigor. De acordo com os Estatutos podia delegar nos órgãos próprios das unidades orgânicas as competências necessárias a uma gestão mais eficiente.
O Órgão de Fiscalização era constituído por um Fiscal Único (ROC) a quem competia o controlo da legalidade, regularidade e boa gestão financeira e patrimonial da Universidade.