O Departamento de Anatomia tem por missão o ensino pré e pós-graduado da Anatomia Humana. A nível pré-graduado intervém nos Mestrados Integrados em Medicina e Medicina Dentária e na licenciatura em Ciências da Nutrição da Universidade do Porto, e na licenciatura em Enfermagem. A nível pós-graduado é responsável pela organização e implementação do Curso de Especialização em Dissecção Anatómica dirigido a médicos e outros profissionais da Saúde e colabora, no âmbito da sua especialização, na organização de cursos de actualização em diversas vertentes da Medicina.

Tem ainda como missão a criação e difusão do conhecimento na área das Neurociências. É sede da UI&D 121 da Fundação para a Ciência e a Tecnologia, “Centro de Morfologia Experimental”, onde se integra a maioria dos seus membros doutorados, e que tem como objectivo o estudo dos mecanismos celulares e moleculares indutores de plasticidade neuronal no sistema nervoso em condições de normalidade e disfunção.

O Departamento tem relação de grande proximidade com a comunidade através de várias iniciativas. Destas, destacam-se o Programa de Doação Cadavérica e as actividades educacionais que desenvolve no Museu de Anatomia para estudantes de diversas áreas e para o público em geral.