Análise Filogenética e Sistemática

Código:

B4001

Sigla:

B4001

Áreas Científicas
Classificação	Área Científica
OFICIAL	Biologia

Ocorrência: 2022/2023 - 1S

Ativa?	Sim
Unidade Responsável:	Departamento de Biologia
Curso/CE Responsável:	Mestrado em Biodiversidade, Genética e Evolução

Ciclos de Estudo/Cursos

Sigla	Nº de Estudantes	Plano de Estudos	Anos Curriculares	Créditos UCN	Créditos ECTS	Horas de Contacto	Horas Totais
E:BBC	0	PE_Bioinformática e Biologia Computacional	1	-	6	42	162
M:BBC	4	Plano estudos a partir de 2018	2	-	6	42	162
M:BGE	16	Plano de Estudos Oficial	1	-	6	42	162
M:GF	0	plano de estudos do Mestrado em Genética Forense a partir de 2013_2014	1	-	6	42	162

Língua de trabalho

Inglês

Objetivos

O curso tem como objectivo fornecer aos estudantes a capacidade de compreender a importância da análise filogenética nos domínios da sistemática, biologia comparativa, ciências biomédicas e conservação. Serão discutidas e comparadas as metodologias mais comummente utilizadas, bem como os princípios e filosofia de cada uma delas.

Resultados de aprendizagem e competências

Espera-se que no final do curso os estudantes tenham adquirido a capacidade de analisar dados numa perspectiva filogenética, bem como poderem avaliar as diferenças entre métodos alternativos de análise. 

Modo de trabalho

Presencial

Pré-requisitos (conhecimentos prévios) e co-requisitos (conhecimentos simultâneos)

NA

Programa

Introdução à análise filogenética. Porque é tão importante?
Uma breve história. Desde Darwin e as primeiras “árvores”, aos debates entre as abordagens cladística vs fenética, de parsimónia vs verosimelhança, e a situação actual.

Metodologias. Máxima parsimónia, métodos baseados em distâncias (evolução mínima, neighbor-joining, e UPGMA), Máxima verosimelhança e inferências Bayesianas. Os prós e contras das diversas abordagens.

Métodos de consenso. Como combinar os diferentes tipos de informação?

Métodos de suporte. Bootstrapping, Bayesian Posterior Probabilities, Decay
Index. O que significam e como compará-los?

Filosofia. Se Popper estivesse certo, estaremos nós a dar uma orientação incorrecta?

Avaliação da relação entre a genética populacional e a reconstrução filogenética. Porquê utilizar “redes” em vez de “árvores”? A comparação das metodologias de reconstrução filogenética acima e abaixo do nível específico.

Bibliografia Obrigatória

Wiley E. O.; Phylogenetics. ISBN: 978-0-471-05975-2 (A titulo exemplificativo. Uma lista de artigos científicos será fornecida aos estudantes.)

Métodos de ensino e atividades de aprendizagem

O curso esta organizado em aulas teóricas e práticas. Os estudantes obterão dados reais a partir do GenBank, ou outras bases de dados moleculares, que serão objecto de análise durante a componente prática. 

Tipo de avaliação

Avaliação distribuída sem exame final

Componentes de Avaliação

Designação	Peso (%)
Participação presencial	20,00
Trabalho escrito	80,00
Total:	100,00

Componentes de Ocupação

Designação	Tempo (Horas)
Estudo autónomo	120,00
Frequência das aulas	42,00
Total:	162,00

Obtenção de frequência

Realização da componente prática e elaboração do relatório.

Fórmula de cálculo da classificação final

Avaliação do relatório final: 80%
Assistência e participação nas aulas: 20%

Melhoria de classificação

Não aplicável