Genómica Funcional (Abordagem Bioinformática)

Código:

BIOL4012

Sigla:

BIOL4012

Áreas Científicas
Classificação	Área Científica
OFICIAL	Biologia

Ocorrência: 2021/2022 - 2S

Ativa?	Sim
Unidade Responsável:	Departamento de Biologia
Curso/CE Responsável:	Mestrado em Biologia Funcional e Biotecnologia de Plantas

Ciclos de Estudo/Cursos

Sigla	Nº de Estudantes	Plano de Estudos	Anos Curriculares	Créditos UCN	Créditos ECTS	Horas de Contacto	Horas Totais
M:BFBP	10	Plano de Estudos M:BFBP_2015_2016.	1	-	6	42	162

Língua de trabalho

Português - Suitable for English-speaking students

Objetivos

Objetivos gerais: Desenvolver uma visão integrada da estrutura e funcionamento dos genomas, transcriptomas e proteomas e conhecer as modernas metodologias desde sequenciação, anotação e análise da genómica funcional.


Objetivos específicos:

 -Comparar os genes e /ou família de genes entre plantas  modelo como Arabidopsis, Solanum, Oryza Popullus e  outras plantas não modelo.

-Utilizar as principais ferramentas bioinformáticas para a caracterização de genes e proteínas em plantas.

 -Utilizar uma metodologia baseada Expressão de genes por RNA-Seq  em diferentes órgãos e tecidos da planta  e /ou sujeitas a diferentes tratamentos. 

-Manipular dados de transcriptómica por RNASeq e identificar genes diferencialmente expressos.

-Utilizar ferramentas de interpretação e análise de dados de proteómica. Caracterizar proteínas quanto a: parâmetros bioquímicos, previsão de localização subcelular e de modificações pós-traducionais - fosforilações e glicosilações; previsão de estrutura 3D.

Resultados de aprendizagem e competências

Competências gerais sobre a compreensão e aplicações da bioinformática nas várias áreas da  genómica  funcional.

Modo de trabalho

Presencial

Programa

Análise de genomas e transcriptomas comparando genes/genomas recorrendo a bases de dados  nas plataformas  Ensemble/plants;Phytozome;NCBI  
Busca de similaridade entre sequências (BLAST no NCBI).
Alinhamento múltiplo de sequências (Clustal no EBI). Pesquisa e manipulação de sequências de DNA usando BLAST/MEGA. 

Bibliografia Obrigatória

Bob B. Buchanan; Biochemistry & molecular biology of plants. ISBN: 0-943088-39-9

Bibliografia Complementar

Watson JD, Baker TA, Bell SP, Gann A, Levine M & Losick R; Molecular Biology of the Gene, Pearson
Philip Meneely; Genetic Analysis, , genes, genomes and networks in Eukarytes , Oxford, 2020. ISBN: ISBN-13: 978-0198809906

Métodos de ensino e atividades de aprendizagem

Os conteúdos integradores de Biologia Molecular e Bioinformática compreendem 42 horas de contacto essencialmente de trabalho teórico prático, recorrendo à aprendizagem da utilização de ferramentas informáticas para a pesquisa de informação útil ao estudo de genomas e transcriptomas. 
As metodologias de ensino incluem aulas formais, seguidas de um período de discussão, sempre que apropriado; palestras interativas, envolvendo os estudantes num processo mais ativo, com resolução de problemas e “case studies” para ilustrar os principais desafios e as soluções encontradas em temas da unidade curricular.

Palavras Chave

Ciências Naturais > Ciências biológicas > Biologia > Biologia computacional

Tipo de avaliação

Avaliação distribuída com exame final

Componentes de Avaliação

Designação	Peso (%)
Exame	30,00
Trabalho prático ou de projeto	70,00
Total:	100,00

Componentes de Ocupação

Designação	Tempo (Horas)
Elaboração de relatório/dissertação/tese	100,00
Estudo autónomo	20,00
Frequência das aulas	42,00
Total:	162,00

Obtenção de frequência

Frequencia a pelo menos 3/4 das aulas dadas.

Fórmula de cálculo da classificação final

Apresentação de um trabalho individual,  sobre análise em silico de um gene ou familia de genes codificantes para uma famlia de proteínas de  interesse  para desenvoverem  o tema/ projecto de genómica funcional uma abordagem bioinformática  (12/20).  Avaliação com base na apresentação um tema proposto, num relatório individual sobre um dos temas abordados nas aulas (2/20) valores).Exame final (6/20)

 

Provas e trabalhos especiais

Apresentação de um relatório individual,  sobre análise em silico de um gene ou familia de genes de interesse  para desenvoverem  o tema/ projecto de genómica funcional uma abordagem bioinformática

Melhoria de classificação

Por exame   e/ou por mehoria do relatório

Observações

Coordenador-Maria Isabel de Pinho Pessoa de Amorim