À Unidade de Gestão de Projetos Financiados (UGPF), compete: 

1. Organizar e acompanhar a execução financeira dos projetos cofinanciados;
2. Acompanhar auditorias à execução dos projetos cofinanciados e promover a implementação de recomendações;
3. Garantir o cálculo de encargos gerais, o cálculo e a distribuição de overheads, bem como outros rendimentos de projetos cofinanciados;
4. Apoiar a gestão financeira de eventos, congressos e similares, se enquadrados em projetos cofinanciados;
5. Exercer as demais competências que lhe sejam cometidas pela Direção do SEF.