O Projecto de Tese  corresponde aos primeiros 2 semestres do curso, sem disciplinas, sendo a transferência de competências profissionais e científicas realizada numa base voluntária.

Esta modalidade permite ao estudante realizar uma formação inicial personalizada, sempre enquadrada pelo orientador/equipa de orientação, cujas metas podem ser cumpridas ao longo dos 2
semestres. Em paralelo, deve elaborar os trabalhos preparatórios de suporte ao trabalho conducente à tese de doutoramento.