O DPA tem como principais objectivos distribuir e assegurar o serviço docente das disciplinas que lhe são atribuídas, apoiar estágios de licenciatura nas suas áreas de trabalho, promover e apoiar alunos de pós-graduação (Mestrado, Doutoramento e Pós-Doutoramento) em trabalhos científicos dentro e fora do ICBAS e ainda apoiar alunos de pós-graduação na procura de estágios profissionalizantes e de trabalho/emprego.
São também objectivos do DPA a realização de investigação científica, em colaboração com as unidades de investigação nas quais o ICBAS participa, e a comunicação dos resultados científicos da investigação realizada através de publicação em revistas internacionais indexadas com arbitragem, bem como disponibilizar e promover a transferência de tecnologia, a prestação de serviços técnico/científicos avançados e a divulgação científica na área das Ciências do Mar, em relação a entidades externas ao ICBAS.
Faz também parte dos objectivos do Departamento apoiar e representar o seu corpo docente em todas as suas actividades, ao nível departamental, nomeadamente proporcionando a todos um ambiente de trabalho adequado e enriquecedor em termos profissionais e pessoais.
Faz ainda parte dos objectivos representar, apoiar e incentivar o desempenho eficaz e a formação contínua dos funcionários técnicos (e outros não-docentes) afectos ao Departamento, proporcionando um ambiente de trabalho adequado e enriquecedor, tanto em termos profissionais como pessoais.
De uma forma geral, o DPA espera e ambiciona representar o ICBAS e a Universidade do Porto, nos quais se insere, em todos os seus domínios de actuação, com o nível de excelência elevado que dele se pretende, contribuindo para o avanço pedagógico, científico e tecnológico nas suas variadas áreas de actuação.