O Núcleo de Contabilidade e Tesouraria tem por missão atuar nos domínios do orçamento e prestação de contas, da realização e cobrança da receita e da despesa, sendo responsável também pelo processamento contabilístico das operações da Faculdade, e por competências:

1. Elaborar e acompanhar a execução do orçamento da FMUP e efetuar a sua monitorização periódica;
2. Elaborar relatórios financeiros e desenvolver os trabalhos conducentes à prestação de contas da FMUP;
3. Organizar o registo contabilístico adequado do património;
4. Arrecadar as receitas, garantir o depósito de valores em conta bancária, efetuar os pagamentos autorizados e proceder ao registo dos recebimentos, pagamentos e depósitos;
5. Assegurar a constituição, reconstituição e reposição de fundos de maneio;
6. Gerir a relação financeira entre a FMUP e os estudantes, clientes, fornecedores e outras entidades;
7. Produzir, atualizar e promover a divulgação de informação relativa ao Núcleo.