Bacteriologia

Código:

MI073122

Sigla:

BACTER

Áreas Científicas
Classificação	Área Científica
OFICIAL	Ciências da Saúde

Ocorrência: 2022/2023 - 1S

Ativa?	Sim
Unidade Responsável:	Laboratório de Microbiologia
Curso/CE Responsável:	Mestrado Integrado em Ciências Farmacêuticas

Ciclos de Estudo/Cursos

Sigla	Nº de Estudantes	Plano de Estudos	Anos Curriculares	Créditos UCN	Créditos ECTS	Horas de Contacto	Horas Totais
MICF	195	MICF - Plano Oficial	3	-	6	52	162

Língua de trabalho

Português - Suitable for English-speaking students
Obs.: Atendimento em inglês aos estudantes; materiais de estudo em inglês; avaliação em inglês (Assistance in English to students; English study materials; English assessment)

Objetivos

Contributo da microbiota bacteriana do Homem na Saúde e na Doença. Avaliação da eficácia de medidas preventivas e corretoras de doenças associadas à alteração da microbiota bacteriana.

Diversificação bacteriana: implicações na identificação, adaptação a agentes antimicrobianos e na patogenicidade.

Metodologias de estudo das comunidades e de estirpes bacterianas (das metodologias clássicas às “omicas”): capacidade de resolução, aplicabilidade e limitações.

Avaliar, prever e comunicar as vias de transmissão, o risco de infeção, processos de diagnóstico e as medidas de controlo (profiláticas e terapêuticas) das espécies bacterianas de maior relevância clínica para o Homem.

 

No âmbito das competências transversais, esta Unidade Curricular tem como objetivo contribuir para o desenvolvimento das seguintes competências:

Cognitivas: pensamento analítico, crítico, reflexivo e criativo;

Metodológicas: capacidade de planeamento, capacidade de execução de várias metodologias laboratoriais e de análise de dados e competências digitais;

Sociais: comunicação interpessoal e trabalho colaborativo

Resultados de aprendizagem e competências

• Capacidade de implementar/recomendar medidas para a prevenção e contenção das doenças infecciosas bacterianas de maior relevância, no contexto de uma só Saúde.


• Reconhecimento da importância da microbiota na saúde e doença e atuação na prevenção e correção de processos, de forma a preservar o seu equilíbrio  


• Relacionar os fatores genéticos e ambientais que promovem a diversidade e patogenicidade bacteriana.


• Descrever as características de virulência dos patogénicos mais importantes e as que são utilizadas nas vacinas.


• Identificar os indivíduos com maior risco de desenvolvimento de infeção bacteriana.


• Capacidade de implementar/recomendar e interpretar metodologias para a deteção e identificação bacteriana em diferentes contextos (epidemiológico, diagnóstico de patologias ou na investigação).


• Capacidade de interpretar a informação bacteriana obtida pela caracterização genómica/genotípica, quer em contextos de estudo da resistência a antimicrobianos ou para fins epidemiológicos.


• Capacidade de implementar metodologias de previsão da eficácia terapêutica de antimicrobianos e sua interpretação em contexto clinico e microbiológico.


• Descrever e detectar as principais resistências a antimicrobianos.

Contribuição dos resultados de aprendizagem para os objetivos do MICF

Contribuição para o Ato Farmacêutico:

1. g) Interpretação e avaliação das prescrições médicas;
   h) Informação e consulta sobre medicamentos de uso humano e veterinário, dispositivos médicos, sujeitos e não sujeitos a prescrição médica, junto de profissionais de saúde e de doentes, de modo a promover a sua correta utilização
   l) Execução, interpretação e validação de análises toxicológicas, hidrológicas, e bromatológicas;
   
   

Contribuição para o Quadro 2 da Diretiva da 2005/36/EC

(c) conhecimento adequado do metabolismo e dos efeitos dos medicamentos, da ação das substâncias tóxicas e da utilização dos medicamentos;
(d) conhecimento adequado para avaliar dados científicos sobre medicamentos, a fim de ser capaz de fornecer informações adequadas com base nesses conhecimentos

Contribuição para as competências definidas no documento “FIP Global Competency Framework”:

1.1 Resposta de emergência
1.1.1 Participar na resposta a emergências da saúde pública

1.2 Promoção da saúde
1.2.2 Aconselhamento na promoção da saúde, controlo e prevenção de doenças e estilos de vida saudáveis

1.3 Aconselhamento e Informação sobre Medicamentos
1.3.1 Aconselhamento do paciente/população no uso seguro e racional dos medicamentos (incluindo na seleção, uso, contraindicações, armazenamento, e efeitos adversos de medicamentos com ou sem necessidade de prescrição)

2.6 Diagnóstico e aconselhamento do paciente
2.6.4 Avaliar, validar e produzir informação de educação para a saúde, aconselhamento na medicação e cuidados de saúde
2.6.5 Discutir e acordar com os pacientes no uso apropriado dos medicamentos, tendo em conta as suas preferências

4.1 Competências de comunicação
4.1.2 Comunicar de modo efetivo com profissionais de saúde e com familiares dos pacientes
4.1.3 Ajustar a comunicação às necessidades do paciente
4.1.4 Competências de comunicação apropriadas, incluindo através de plataformas electrónicas e digitais

4.3 Competências digitais
4.3.1 Identificar, gerir, organizar, armazenar e partilhar informação digital
4.3.2 Análise crítica, avaliação e interpretação de informação digital e das suas fontes

Modo de trabalho

Presencial

Pré-requisitos (conhecimentos prévios) e co-requisitos (conhecimentos simultâneos)

A unidade curricular Bacteriologia requer conhecimentos prévios relacionados com a Microbiologia Geral, Imunologia, Bioquímica, Genética e Biologia Molecular. Estas unidades curriculares devem, por isso, ser frequentadas antes da frequência da Bacteriologia. Os conhecimentos adquiridos nestas unidades curriculares são essenciais para a compreensão da evolução bacteriana, no papel das diferentes macromoléculas bacterianas na resistência a diferentes agentes químicos e físicos, na capacidade de metabolização de diferentes substratos e na diversificação que ocorre em resposta ao sistema imunológico.

Programa

Componente teórica:

A- Diversidade bacteriana: genoma “core” e acessório; mutações e evolução; biomarcadores evolutivos e sua aplicação na filogenia bacteriana;vantagens e limitações da utilização o gene 16S rRNA no estudo da diversidade bacteriana; a arvore da vida e grupos bacterianos de maior relevância no Homem; virulência e resistência a antimicrobianos.

B- Microbioma humano: metabolitos e funcionalidade bacteriana na Saúde e na Doença. Probióticos e bioterapêuticos. Suscetibilidade do hospedeiro e infeção.

C- Infeções bacterianas: estudo dos principais agentes bacterianos (filogenia, características morfológicas e fisiológicas, factores de virulência, espectro de doenças, reservatórios e vias de transmissão,  processos de diagnóstico e as medidas de controlo (profiláticas e terapêuticas, antibioterapia e mecanismos de resistência.

Componente prática:
1- Culturómica e metagenómica no estudo da microbiota do Homem. Exemplificação da aplicação destas metodologias no estudo da microbiota urinária da mulher e microbiota das mãos; Vantagens e desvantagens destas metodologias.
2- Diagnóstico de infeções bacterianas do trato urinário e respiratório; 

3-Identificação por métodos clássicos (morfológicos e testes metabólicos) de agentes patogénicos humanos; 

4- Serodiagnóstico. Classificação serológica;

5-Previsão laboratorial da eficácia de antimicrobianos: conceitos e metodologias relevantes (método de difusão em agar com discos; métodos de determinação da CMI (E-test e diluição). 
6- Metodologias moleculares aplicadas à tipagem bacteriana (sequenciação do gene 16S rRNA; métodos espectrométricos-MALDI-TOF MS e espetroscopia de FTIR;  sequenciação genómica total). 

Bibliografia Obrigatória

João Carlos Sousa, Elisabete Machado, Carla Novais, Luísa Peixe, José Amorim & Nuno Monteiro; Antibióticos. Vol. I , Edições Universidade Fernando Pessoa, 2016
Hauser Alan R.; Antibiotic Basics for Clinicians, Loppincott Williams & Wilkins, 2013
Patricia Tille; Bailey & Scott's Diagnostic Microbiology, Mosby. Elsevier, 2014. ISBN: 978-0-323-08330-0

Bibliografia Complementar

James H. Jorgensen1, Michael A. Pfaller2, Karen C. Carroll3, Guido Funke4, Marie Louise Landry5, Sandra S. Richter6, David W. Warnock; Manual of Clinical Microbiology, Eleventh Edition, ASM, 2015. ISBN: 9781555817374

Observações Bibliográficas

Ver Bibliografia mencionada na primeira aula e disponível em diapositivo no Moodle

Métodos de ensino e atividades de aprendizagem

1. A componente teórica usa o método expositivo procurando, através do recurso a diapositivos transmitir os aspectos fundamentais e estruturantes do conhecimento em determinado tópico, incentivando o seu aprofundamento fora da aula, através da sugestão de literatura complementar (capítulos de livros, artigos científicos, videos ou webpages)


2. Aulas práticas: 2 horas /semana. Os trabalhos laboratoriais preconizados pretendem habilitar o aluno na execução das técnicas mais relevantes em Bacteriologia para o diagnóstico de problemas de etiologia bacteriana em diferentes matrizes (por exemplo, fluidos biológicos e alimentos), monitorizar a disseminação bacteriana e determinar os antibióticos adequados para o tratamento de infeções humanas. A compreensão de conceitos correlacionados e a aquisição, nestes tópicos, de diversas competências de interesse para a actividade farmacêutica será incentivada. Os temas a abordar na componente prática permitem ainda que os alunos correlacionem e consolidem os conhecimentos adquiridos nas diferentes matérias leccionadas nas aulas teóricas.

•  Os trabalhos são previamente contextualizados e        explicados no início das aulas, sendo facultado uma explicação mais detalhada em suporte vídeo ou PDF de apresentação em Power Point.


• São reservadas 2 horas/semana para o atendimento dos alunos, que o devem solicitar, por correio electrónico, dirigido ao responsável pela disciplina.

Tipo de avaliação

Avaliação distribuída com exame final

Componentes de Avaliação

Designação	Peso (%)
Exame	80,00
Teste	20,00
Total:	100,00

Componentes de Ocupação

Designação	Tempo (Horas)
Frequência das aulas	0,00
Total:	0,00

Obtenção de frequência

Assiduidade: as aulas teóricas não são obrigatórias. As aulas Laboratoriais seguem as normas de avaliação em vigor, ou seja, o estudante não pode exceder o número limite de faltas correspondente a 25% das aulas previstas.
Frequência: a frequência é válida para o ano letivo corrente e para os 2 anos letivos seguintes. Assim, para o ano letivo corrente, consideram-se válidas as frequências obtidas nos anos letivos 2020/21 e 2021/22.

Fórmula de cálculo da classificação final

A avaliação de conhecimentos é do tipo “Avaliação distribuída com exame final” e é realizada em concordância com as normas de avaliação em vigor para o ano letivo 2022/23. Assim, a avaliação da UC versa os conhecimentos e competências das componentes teórica (cotado em 16 valores) e laboratorial (cotado em 4 valores). Esta avaliação é composta por um exame escrito final que versa os conhecimentos e competências adquiridos pela componente teórica (correspondente a 16 valores) e por uma avaliação distribuída que avalia a componente laboratorial (correspondente a 4 valores).

A avaliação distribuída, dos estudantes a frequentar a componente laboratorial, decorre de 2 processos de avaliação: 

• Um exame, através do moodle, versando fundamentos e interpretação de provas laboratoriais/casos e que decorrerá durante o semestre letivo, acessível aos estudantes que estão a frequentar a UC neste ano letivo. Esta avaliação é cotada em 4 valores. Os estudantes que optarem por não realizar este evento de avaliação distribuída serão avaliados da mesma forma na data do exame laboratorial (também cotado para 4 valores) da época normal do respetivo ano letivo.

A classificação final do estudante corresponde à soma das suas classificações obtidas na avaliação da componente teórica e da componente laboratorial. É exigida uma classificação mínima na avaliação da componente laboratorial para acesso ao exame escrito final de 2 em 4 valores. É exigida a classificação de 7,6 em 16,0 valores na componente teórica. Não se aplica a prova oral na avaliação desta UC. Os estudantes serão aprovados, caso a sua classificação final seja igual ou superior a 9,50 valores e tenham pelo menos 7,6 (em 16) valores na avaliação da componente teórica e 2 (em 4) valores na componente prática.

 

Provas e trabalhos especiais

Estudantes que não sejam obrigados a frequentar as aulas laboratoriais têm de ser submetidos a teste final laboratorial. A aprovação neste exame, mínimo de 1,9 valores (em 4) é necessária para a admissão ao exame teórico.

Avaliação especial (TE, DA, ...)

De acordo com as normas de avaliação em vigor na FFUP.

Os estudantes trabalhadores deverão consultar todo o material de apoio às aulas laboratoriais (aulas gravadas, videos dos protocolos e slides). A avaliação da componente laboratorial será realizada por exame via moodle, versando fundamentos e interpretação de provas laboratoriais/casos, ocorrendo nas datas previamente marcadas para todos os estudantes e indicadas no cronograma das aulas laboratoriais.

Melhoria de classificação

• Na época de recurso é possível melhorar a classificação das diferentes componentes (teórica e prática), carecendo de inscrição nos serviços académicos para o efeito. Para melhoria de qualquer componente da UC o aluno já deve ter a UC completa. 

Observações

Em caso de impossibilidade dos alunos frequentarem as aulas teóricas e laboratoriais pela necessidade de controlo de contágio ou confinamento associado à pandemia COVID-19 as aulas decorrerão da seguinte forma:

I-Controlo de contágio com necessidade de redução do número de estudantes nas aulas presenciais:
a) As aulas teóricas serão ministradas presencialmente para um número reduzido de estudantes seguindo as normas estipuladas pela DGS e FFUP e simultaneamente em streaming para os restantes estudantes. Estas aulas serão gravadas e disponibilizadas via Moodle de forma a que os estudantes que tenham dificuldades em assistir às mesmas de forma síncrona o possam fazer posteriormente.
b) Nas aulas laboratoriais os conteúdos teórico-práticos serão  gravados em Panopto e disponibilizados ao estudante via Moodle antes da aula. As aulas presenciais serão usadas para aprender e executar protocolos, assim como para a resolução e discussão de casos práticos/exercícios. Os estudantes trabalharão individualmente seguindo as normas estipuladas pela DGS e FFUP.
c)A avaliação dos conhecimentos por exame final será realizada de acordo com as regras estipuladas pela FFUP.

II-Situação de confinamento:
a) As aulas teóricas serão ministradas e, sempre que possível, gravadas de forma síncrona via Zoom-Colibri.
b) Os conteúdos teórico-práticos das aulas laboratoriais serão gravados em Panopto e fornecidos aos estudantes via Moodle. Videos relacionados com os procedimentos laboratoriais também serão fornecidos. As aulas síncronas serão usadas para a resolução de exercícios e casos práticos com aplicação e sedimentação dos conceitos teórico-práticos, discussão e resolução de dúvidas.
c)A avaliação dos conhecimentos por exame final será realizada de acordo com as regras estipuladas pela FFUP.