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Detecção precoce de clones de Escherichia coli de alto risco produtores de β-lactamase de espectro estendido (ESBL) e/ou
A carbapenemase em hospitais é fundamental para prevenir cadeias de transmissão prolongadas e resultados clínicos desfavoráveis.
O sequenciamento completo do genoma (WGS) é o método de referência para apoiar o controle de infecções, mas ainda não é adequado
para análise em tempo real de bactérias multirresistentes (MDR) em muitos ambientes. Infravermelho com transformada de Fourier (FTIR)
a espectroscopia tem potencial comprovado para apoiar a detecção de surtos e a interrupção das cadeias de transmissão
devido à sua precisão rápida e confiável para tipagem de cepas em vários patógenos clinicamente relevantes, mas apenas uma pequena
vários isolados de E. coli foram testados. Nosso objetivo é desenvolver e validar um modelo preciso e reprodutível
fluxo de trabalho para triagem e identificação em tempo real de clones de alto risco de E. coli MDR com base em FT-IR
espectroscopia, usando WGS como referência.
Apoiado por uma rede de especialistas em E. coli, tipagem de cepas e espectroscopia FT-IR (PT, DE, NO, SP), e
conhecimento prévio e experiência com K. pneumoniae, usaremos dados representativos e bem caracterizados
coleções de surtos e não surtos de E. coli isolados de institutos de saúde pública de referência na Europa
(n=600, 2015-2022) para treinar e validar um modelo de classificação de aprendizado de máquina para triagem em tempo real e
identificação de clones de alto risco de E. coli MDR com base em espectroscopia FT-IR, incluindo um estudo interinstitucional
comparação. Para isso será estabelecida uma correlação entre espectros de FT-IR de diferentes instrumentos
tipagem de sequência multilocus do genoma central (cgMLST)/sorotipagem in silico e dados epidemiológicos para apoiar
orientações, recomendações e protocolos para o uso da tecnologia para apoiar a detecção de surtos e
controlo da infecção e melhorar a vigilâ  |
Resumo
Detecção precoce de clones de Escherichia coli de alto risco produtores de β-lactamase de espectro estendido (ESBL) e/ou
A carbapenemase em hospitais é fundamental para prevenir cadeias de transmissão prolongadas e resultados clínicos desfavoráveis.
O sequenciamento completo do genoma (WGS) é o método de referência para apoiar o controle de infecções, mas ainda não é adequado
para análise em tempo real de bactérias multirresistentes (MDR) em muitos ambientes. Infravermelho com transformada de Fourier (FTIR)
a espectroscopia tem potencial comprovado para apoiar a detecção de surtos e a interrupção das cadeias de transmissão
devido à sua precisão rápida e confiável para tipagem de cepas em vários patógenos clinicamente relevantes, mas apenas uma pequena
vários isolados de E. coli foram testados. Nosso objetivo é desenvolver e validar um modelo preciso e reprodutível
fluxo de trabalho para triagem e identificação em tempo real de clones de alto risco de E. coli MDR com base em FT-IR
espectroscopia, usando WGS como referência.
Apoiado por uma rede de especialistas em E. coli, tipagem de cepas e espectroscopia FT-IR (PT, DE, NO, SP), e
conhecimento prévio e experiência com K. pneumoniae, usaremos dados representativos e bem caracterizados
coleções de surtos e não surtos de E. coli isolados de institutos de saúde pública de referência na Europa
(n=600, 2015-2022) para treinar e validar um modelo de classificação de aprendizado de máquina para triagem em tempo real e
identificação de clones de alto risco de E. coli MDR com base em espectroscopia FT-IR, incluindo um estudo interinstitucional
comparação. Para isso será estabelecida uma correlação entre espectros de FT-IR de diferentes instrumentos
tipagem de sequência multilocus do genoma central (cgMLST)/sorotipagem in silico e dados epidemiológicos para apoiar
orientações, recomendações e protocolos para o uso da tecnologia para apoiar a detecção de surtos e
controlo da infecção e melhorar a vigilância da E. coli MDR na Europa. Todos os parceiros estarão envolvidos numa formação
workshop de análise FT-IR e todos os dados serão disponibilizados à comunidade científica. Isso vai
fortalecer o conhecimento fundamental e aplicado em espectroscopia FT-IR e preparar o cenário para um especialista
rede dentro e fora da ESGEM/ESGMD-ESCMID para apoiar a inovação e iniciativas em larga escala/entre países
Aplicações FT-IR na Europa. É solicitado financiamento para troca de cepas de teste, experimentos de FT-IR e testes no local
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