O Conselho do Agrupamento é constituído pelo Presidente e por nove membros representantes dos professores e investigadores doutorados do Agrupamento, contratados em regime de tempo integral.

Compete ao Conselho do Agrupamento:
a) Elaborar e aprovar o regulamento do Agrupamento;
b) Deliberar sobre a constituição e dissolução de secções científicas;
c) Deliberar sobre as matérias que lhe forem delegadas e pronunciar-se sobre as que lhe forem submetidas para apreciação;
d) Elaborar e propor ao Conselho Científico a distribuição de serviço dos membros do Agrupamento, ouvidos os Diretores de Curso;
e) Propor ao Conselho Científico a criação, extinção e alterações aos planos de estudos de programas que envolvam as áreas científicas do Agrupamento, ouvidas as respetivas Comissões Científicas;
f) Propor ao Conselho Científico a contratação de professores e de investigadores e a abertura de concursos para o efeito.