Carlos Amarante, engenheiro militar e arquitecto, elabora pouco depois, em 1807, dois projectos alternativos em que, contra a sua vontade, o edifício não aparece "a formar hum quadrilátero".
As obras no edifício avançariam muito lentamente: era o período das invasões francesas e, posteriormente, das lutas liberais.
As instalações então existentes chegaram a servir como hospital militar, durante o prolongado “Cerco do Porto” (1832-33).
Um conjunto de desenhos, pelo lente substituto de Desenho, J. V. Vitória Vila-Nova, fixou nesse ano de 1833, vários aspectos do edifício em construção.
Academia Polytechnica, lados da Praça dos Voluntários da Rainha
e da Igreja dos Orfãos, Joaquim Cardoso Vitória Vilanova, Edifícios do Porto, 1833
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Planta do piso térreo do projeto da Real Academia
de Marinha e Comércio e Colégio dos Meninos Orfãos da Cidade do Porto,
da autoria do Engenheiro Carlos Amarante, 1807
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