Projeto (Ciências Informáticas)

Código:

CC4048

Sigla:

CC4048

Áreas Científicas
Classificação	Área Científica
CNAEF	Ciências informáticas

Ocorrência: 2022/2023 - 2S (edição n.º 1)

Ativa?	Sim
Unidade Responsável:	Departamento de Ciência de Computadores
Curso/CE Responsável:	Bioinformática e Biologia Computacional

Ciclos de Estudo/Cursos

Sigla	Nº de Estudantes	Plano de Estudos	Anos Curriculares	Créditos UCN	Créditos ECTS	Horas de Contacto	Horas Totais
E:BBC	0	PE_Bioinformática e Biologia Computacional	1	-	6	14	162

Língua de trabalho

Português - Suitable for English-speaking students

Objetivos

A Bioinformática é um campo do conhecimento interdisciplinar que combina as ciências da computação, a biologia e ciências biomédicas e a estatística. A Bioinformática é orientada à aplicação e desenvolvimento de novos métodos computacionais para expandir o conhecimento biológico, biomédico ou epidemiológico. Os recentes desenvolvimentos nas tecnologias de alto-débito levaram a uma grande revolução na investigação biológica e biomédica e onde hoje a bioinformática assume um papel cada vez mais central na análise de grandes quantidades de dados.

O objetivo deste curso é de que os estudantes sejam capazes de desenvolver um projeto integrativo que envolva as diferentes componentes da bioinformática e da biologia computacional aplicando os conhecimentos que foram sendo adquiridos nas restantes UCs do mestrado em Bioinformática e Biologia Computacional.

Resultados de aprendizagem e competências

No final deste curso o aluno deverá ser capaz de desenvolver um projeto de forma autónoma que lhe permita adquirir novos conhecimentos de bioinformática e biologia computacional mas também aplicar conhecimentos adquiridos durante a pós-graduação/mestrado de forma integrativa. Deverá ser capaz de comunicar, apresentar e defender o seu projeto.

Modo de trabalho

Presencial

Pré-requisitos (conhecimentos prévios) e co-requisitos (conhecimentos simultâneos)

Conhecimento de linguagens de programação usadas frequentemente em contexto de análise bioinformática (R, Python, Perl, etc).

Conhecimento de algoritmos de bioinformática (BLAST, Alinhamento múltiplo de sequências, ...).

Conhecimento das principais base de dados e portais de dados biológicos (NCBI, Ensembl, UCSC Genome Browser, UniProt, entre outros).

Programa

• Reuniões Regulares.


• Discussão de estratégia, projeto e resultados.


• Apresentação e discussão de um pré-relatório.


• Apresentação final e defesa de projeto.

Bibliografia Obrigatória

Miguel Rocha and Pedro G. Ferreira; Bioinformatics Algorithms(1st Edition): Design and Implementation in Python., 9780128125205, 2018. ISBN: 9780128125205
Neil C. Jones and Pavel A. Pevzner; An Introduction to Bioinformatics Algorithms (Computational Molecular Biology) 1st Edition. ISBN: 0262101068
Sebastian Bassi; Python for Bioinformatics, CRC Press, 2016

Bibliografia Complementar

R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchison; Biological Sequence Analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids, Cambridge University Press, 1998
Dan Gusfield; Algorithms on Strings, Trees and Sequences: Computer Science and Computational Biology, Cambridge University Press, 1997

Métodos de ensino e atividades de aprendizagem

Reuniões regulares.
Apresentação de resultados.
Apresentação final de projeto incluíndo as ferramentas ou métodos desenvolvidos.
Escrita e defesa de relatório.

Tipo de avaliação

Avaliação distribuída sem exame final

Componentes de Avaliação

Designação	Peso (%)
Participação presencial	20,00
Defesa pública de dissertação, de relatório de projeto ou estágio, ou de tese	20,00
Trabalho prático ou de projeto	60,00
Total:	100,00

Componentes de Ocupação

Designação	Tempo (Horas)
Apresentação/discussão de um trabalho científico	6,00
Elaboração de projeto	158,00
Total:	164,00

Obtenção de frequência

Os requisitos mínimos obrigatórios para aprovação são:

• Reuniões presenciais com o docente responsável.


• Apresentação final do projeto.


• Entrega de relatório final.

Fórmula de cálculo da classificação final

A nota final será calculada usando as seguintes componentes de avaliação:
- PP: Participação Presencial (discussão e reuniões regulares com o docente);
- DP: Defesa do Projecto (defesa final do projeto);
- TP: Trabalho de Projeto (qualidade do projeto desenvolvido);

Estes três fatores serão ponderados tendo em conta os seguintes pesos:

Nota final = 0.2*PP + 0.2 * DP + 0.6*TP

Avaliação especial (TE, DA, ...)

Deverá ser comunicada ao docente qualquer necessidade especial no sentido de ser definido um plano adequado.