Bioinformática Molecular

Código:

Q4100

Sigla:

Q4100

Nível:

400

Áreas Científicas
Classificação	Área Científica
OFICIAL	Química

Ocorrência: 2019/2020 - 2S

Ativa?	Sim
Unidade Responsável:	Departamento de Química e Bioquímica
Curso/CE Responsável:	Mestrado em Bioinformática e Biologia Computacional

Ciclos de Estudo/Cursos

Sigla	Nº de Estudantes	Plano de Estudos	Anos Curriculares	Créditos UCN	Créditos ECTS	Horas de Contacto	Horas Totais
E:BBC	1	PE_Bioinformática e Biologia Computacional	1	-	6	42	162
M:BBC	3	Plano estudos a partir de 2018	1	-	6	42	162

Língua de trabalho

Português - Suitable for English-speaking students

Objetivos

Pretende dar-se aos alunos uma visão abrangente de temas da Bioinformática molecular actual. Adicionalmente, nas aulas práticas, os alunos são encorajados a desenvolver pequenos projectos de investigação.

Resultados de aprendizagem e competências

Domínio das diversas ferramentas da bioinformática molecular. Capacidade de identificar compostos bioativos por varrimento virtual. Capacidade para modelar estruturas de macromoléculas. Capacidade em estudar computacionalmente a reactividade de sistemas (bio)químicos. Sentido crítico e consciência na escolha das ferramentas informáticas mais adequadas ao estudo de cada problema da bioquímica.

Modo de trabalho

Presencial

Programa

Aulas Teóricas

1. Estrututura e modelação de proteínas.
2. Mecânica molecular.
3. Docking proteína-ligando. 
4. Screening virtual.
5. Mutagénese computacional.
6. Estrutura Electrónica e Reactividade enzimática.

Aulas Práticas

Desenvolvimento de pequenos projectos de investigação nas áreas abrangidas pelos conteúdos das aulas teóricas.

Bibliografia Obrigatória

Leach Andrew R.; Molecular modelling. ISBN: ISBN: 0-582-38210-6
Sousa, S. F., Ribeiro, A. J. M., Neves, R. P. P., Bras, N. F., Cerqueira, N., Fernandes, P. A., & Ramos, M. J.; pplication of quantum mechanics/molecular mechanics methods in the study of enzymatic reaction mechanisms, Wiley Interdisciplinary Reviews-Computational Molecular Science, 7(2). doi:10.1002/wcms.1281, 2017
Simoes, I. C. M., Costa, I. P. D., Coimbra, J. T. S., Ramos, M. J., & Fernandes, P. A.; New Parameters for Higher Accuracy in the Computation of Binding Free Energy Differences upon Alanine Scanning Mutagenesis on Protein-Protein Interfaces, Journal of Chemical Information and Modeling, 57(1), 60-72. doi:10.1021/acs.jcim.6b00378
Cerqueira, N., Gesto, D., Oliveira, E. F., Santos-Martins, D., Bras, N. F., Sousa, S. F., Fernandes P. A., Ramos, M. J.; Receptor-based virtual screening protocol for drug discovery, Archives of Biochemistry and Biophysics, 582, 56-67. doi:10.1016/j.abb.2015.05.011

Métodos de ensino e atividades de aprendizagem

Aulas teóricas, por vezes de exposição, por vezes apoiadas em workshops dadas com computador operados pelos alunos.
Aulas práticas dadas em laboratório de computação operadas pelos alunos em computador (um aluno por computador).

Tipo de avaliação

Avaliação distribuída com exame final

Componentes de Avaliação

Designação	Peso (%)
Participação presencial	15,00
Apresentação/discussão de um trabalho científico	10,00
Exame	50,00
Trabalho escrito	25,00
Total:	100,00

Componentes de Ocupação

Designação	Tempo (Horas)
Elaboração de relatório/dissertação/tese	24,00
Estudo autónomo	96,00
Frequência das aulas	42,00
Total:	162,00

Obtenção de frequência

Frequência de 75% das aulas práticas, elaboração de relatório do trabalho de investigação realizado nessas mesmas aulas práticas e sua  apresentação oral.

Fórmula de cálculo da classificação final

Nota Teórica
A nota teórica é dada, na sua maioria, pela nota do exame teórico final cuja data é fixada pelo Conselho Pedagógico da F.C.U.P. O seu valor é de 50% da nota final.

Nota Prática
A nota prática corresponde à avaliação contínua (15% da nota final), à nota de uma apresentação oral (10% da nota final) e relatório (25% da nota final)do trabalho de investigação realizado nas aulas práticas. O seu valor é de 50% da nota final.

Melhoria de classificação

Observações

Devido à pandemia que se verificou este semestre, à impossibilidade de realizar a totalidade das aulas práticas e aos constrangimentos e incertezas quando à realização, forma e data dos exames finais, foi decidido, em unanimidade com os estudantes da UC, alterar o método de avaliação da UC.
a UC conterá um módulo denominado "Journal Club". Um artigo científico avançado sobre a temática da UC será distribuído a cada grupo de 3-4 estudantes. Os estudantes deverão estudar, entender, apresentar, explicar e ensinar os colegas o artigo em questão. A apresentação será feita por videoconferência, ao que se seguirá um momento de discussão do tema, com perguntas e respostas. O desempenho dos estudantes (agora desempenhando a função de professores!) será avaliada, e essa avaliação (tida como avaliação contínua) substituirá a avaliação inicialmente prevista para o exame escrito final (50% da classificação final da disciplina).
Ainda assim, mantém-se a realização de um exame final, que servirá para melhoria de nota em relação à componente acima referida.
A componente de 50% da avaliação final dada pela avaliação contínua e relatório mantém-se e incidirá sobre o período no qual as aulas práticas presenciais tiveram lugar.