Bioinformática

Código:

CC450

Sigla:

CC450

Áreas Científicas
Classificação	Área Científica
OFICIAL	Ciência de Computadores

Ocorrência: 2013/2014 - 2S

Ativa?	Sim
Página Web:	http://www.dcc.fc.up.pt/~vsc/Bioinformatica/
Unidade Responsável:	Departamento de Ciência de Computadores
Curso/CE Responsável:	Mestrado Integrado em Engenharia de Redes e Sistemas Informáticos

Ciclos de Estudo/Cursos

Sigla	Nº de Estudantes	Plano de Estudos	Anos Curriculares	Créditos UCN	Créditos ECTS	Horas de Contacto	Horas Totais
M:CC	5	PE do Mestrado em Ciência de Computadores	1	-	7,5	67	202,5
MI:ERS	7	Plano de Estudos a partir de 2007	4	-	7,5	67	202,5

Língua de trabalho

Português - Suitable for English-speaking students

Objetivos

Pretende-se que o aluno:

- Se familiarize com os conceitos básicos de Bioinformática, com especial ênfase na Biologia Molecular Computacional;
- Conheça e compreenda os tipos e fontes de dados usados e os problemas computacionais mais importantes;
- Entenda os algoritmos mais importantes e interessantes, em particular no emparelhamento de sequências, filogenia e reconhecimento de padrões (no genoma, proteoma e redes de interação);
- Tenha uma perspectiva das ferramentas mais populares e das questões abertas na área;

Resultados de aprendizagem e competências

- conhecer as mais importantes Bd na Bioinformática

- entender e usar as principais ferramentas na área

- ser capaz de programar ferramentas novas na área

- capacidade de pesquisar novos algoritmos

Modo de trabalho

Presencial

Programa

Problemas Computacionais em Biologia Molecular
Revisão dos Conceitos Fundamentais da Biologia Molecular
Alinhamento de Pares de Sequências e alinhamentos múltiplos

Algoritmos Aproximados e BLAST
Árvores Filogenéticas
Modelos Probabilísticos e Cadeias de Markov
Biologia de Sistemas e Análise de Redes Biológicas

Bibliografia Obrigatória

000083409. ISBN: 0-387-98785-1

Bibliografia Complementar

000074935. ISBN: 0-521-62971-3

Métodos de ensino e atividades de aprendizagem

Aulas teóricas: exposição da matéria, acompanhada de exemplos.
Aulas práticas laboratoriais: uso de ferramentas existentes, implementação de alguns dos algoritmos e apoio ao trabalhos práticos.

Palavras Chave

Ciências Físicas > Ciência de computadores
Ciências Físicas > Matemática > Algoritmos

Tipo de avaliação

Avaliação distribuída com exame final

Componentes de Avaliação

Designação	Peso (%)
Exame	50,00
Participação presencial	20,00
Trabalho escrito	30,00
Total:	100,00

Componentes de Ocupação

Designação	Tempo (Horas)
Elaboração de relatório/dissertação/tese	1,00
Frequência das aulas	3,00
Trabalho laboratorial	0,50
Total:	4,50

Obtenção de frequência

Perde frequência o aluno que obtenha uma valorização inferior a 35% na componente distribuída (trabalhos práticos + apresentação de artigo).

Fórmula de cálculo da classificação final

A avaliação tem em conta as seguintes componentes:

Componente distribuída (CD): peso 10
* Mini-Trabalhos: peso 2 (grupos de no máximo 2 estudantes)
* Projecto: peso 4 (grupos de no máximo 2 estudantes)
* Apresentação/Revisão de Artigo: peso 4 (individual)
Exame Escrito Final (EF): peso 10

A classificação final na unidade curricular obtém-se fazendo a soma pesada das duas componentes principais. Se as notas de CD e EF forem exprimidas de 0 a 20, a nota final F é dada por F = CD/2 + EF/2. Ficam aprovados os alunos que satisfaçam as duas condições seguintes:

1) valorização superior ou igual a 35% nas componentes CD e EF.
2) classificação final F superior ou igual a 9.5 valores.

Os mini-trabalhos passa pela implementação de pelo menos 2 dos diferentes algoritmos dados nas aulas teóricas, com a necessidade das implementações serem depois apresentadas ao professor.

O projecto passa pela aplicação de uma metodologia de análise a um conjunto de dados, com escrita de um relatório em formato de artigo científico, descrevendo o que foi feito.

A Apresentação/Revisão de Artigo passa pela leitura e análise de um artigo científico recente da área da Bioinformática, e pela apresentação oral de um resumo desse artigo perante os colegas e o professor, com o auxílio de slides criados para o efeito.

Provas e trabalhos especiais

Os alunos trabalhador-estudante não estão dispensados do cumprimento das regras para obtenção de frequência.

Avaliação especial (TE, DA, ...)

Idêntico ao definido no Cálculo da Classificação Final.

Melhoria de classificação

A componente distribuída não poderá ser melhorada.