Bioquímica Computacional

Código:

Q4034

Sigla:

Q4034

Áreas Científicas
Classificação	Área Científica
OFICIAL	Química

Ocorrência: 2022/2023 - 1S

Ativa?	Sim
Unidade Responsável:	Departamento de Química e Bioquímica
Curso/CE Responsável:	Mestrado em Bioinformática e Biologia Computacional

Ciclos de Estudo/Cursos

Sigla	Nº de Estudantes	Plano de Estudos	Anos Curriculares	Créditos UCN	Créditos ECTS	Horas de Contacto	Horas Totais
E:BBC	1	PE_Bioinformática e Biologia Computacional	1	-	6	42	162
M:BBC	18	Plano estudos a partir de 2018	1	-	6	42	162

Língua de trabalho

Português

Objetivos

Pretende dar-se aos alunos uma visão abrangente de temas da Bioquímica Computacional. O aluno com aproveitamento deverá conhecer as técnicas principais actualmente usadas em bioquímica computacional e ter um conhecimento detalhado de técnicas de simulação molecular e análise de resultados aplicadas a sistemas proteicos.

Resultados de aprendizagem e competências

Capacidade para realizar e analisar simulações de dinâmica molecular. Capacidade de prever as propriedades de sistemas biológicos que não envolvam rearranjos electrónicos.

Modo de trabalho

Presencial

Programa

1. Introdução 1.1. Introdução à bioquímica computacional 1.2. Metodologias computacionais mais comuns para o estudo de sistemas bioquímicos 1.3. Influência da dimensão do sistema na escolha da metodologia 2. Mecânica Molecular 2. 1. Introdução 2. 2. Campo de forças 2.3. Energia de ligação 2.4. Energia dos ângulos de ligação 2.5. Energia de torção 2.6. Energia de van der Waals 2.7. Energia electrostática 2.8. Energia dos termos cruzados 2.9. Dedução de parâmetros 2.10. Campos de forças mais utilizados 3. Dinâmica Molecular 3.1. Introdução 3.2. Integração das Equações do Movimento 3.3. Condições Periódicas de Fronteira 3.4. Cálculo das Forças de Longo Alcance 3.4.1 O Uso de Funções Suavizantes 3.4.2 O uso do método PME (Particle Mesh-Ewald) 3.5. Algumas Propriedades Calculadas por Dinâmica Molecular 3.5.1 Densidade 3.5.2 Coeficientes de Difusão 3.5.3 Dinâmica Rotacional 3.5.4 Valores de RMSd 3.5.5 Determinação de Flutuações Atómicas (RMSFs) 3.5.6 Funções de Distribuição Radial 3.5.7 Orientação Molecular. 

Bibliografia Obrigatória

Nuno Cerqueira, Sérgio Sousa, Pedro Fernandes, Maria João Ramos; Bioquímica Computacional, Faculdade de Ciências do Porto, 2007
Nuno Cerqueira, Sérgio Sousa, Pedro Fernandes, Maria João Ramos; Faculdade de Ciências do Porto, 2007; Estudo da enzima protease do virus HIV-1

Métodos de ensino e atividades de aprendizagem

Aprendizagem baseada no problema

Software

Programa de dinãmica molecular AMBER
Programa de visualização VMD

Tipo de avaliação

Avaliação distribuída com exame final

Componentes de Avaliação

Designação	Peso (%)
Exame	50,00
Participação presencial	25,00
Trabalho prático ou de projeto	25,00
Total:	100,00

Componentes de Ocupação

Designação	Tempo (Horas)
Elaboração de relatório/dissertação/tese	24,00
Estudo autónomo	70,00
Frequência das aulas	56,00
Total:	150,00

Obtenção de frequência

As aulas práticas são obrigatórias. O número de faltas possível é de um quarto das aulas práticas que estão previstas para o ano lectivo em questão.

Fórmula de cálculo da classificação final

A Nota Final da unidade curricular de Bioquímica Computacional consiste na soma seguinte: (50% nota prática) + (50% nota teórica).
Nota Teórica: A nota teórica é dada, na sua maioria, pela nota do exame teórico final cuja data é fixada pelo Conselho Pedagógico da F.C.U.P. Esta nota será modulada pela avaliação contínua que o professor, encarregado das aulas teóricas,efetuou ao longo do semestre.
A nota teórica não poderá ser inferior a 7 valores para o aluno obter aprovação à unidade curricular.
Nota Prática: A nota prática é dada, em partes iguais, pela avaliação de um relatório final obrigatório, efectuado nas aulas, ao longo do ano lectivo, e pela avaliação contínua que o professor, encarregado das aulas práticas, efetuou durante o semestre.

Melhoria de classificação

A classificação teórica pode ser melhorada através de um exame de melhoria de nota, de acordo com as normas vigentes na FCUP. A classificação prática não pode ser alvo de melhoria uma vez que ela reflete o trabalho contínuo desenvolvido pelo aluno ao longo do semestre.