Análise in Silico de Genomas, Transcritomas e Proteomas

Código:

B4002

Sigla:

B4002

Áreas Científicas
Classificação	Área Científica
OFICIAL	Biologia

Ocorrência: 2021/2022 - 2S

Ativa?	Sim
Unidade Responsável:	Departamento de Biologia
Curso/CE Responsável:	Mestrado em Biologia Celular e Molecular

Ciclos de Estudo/Cursos

Sigla	Nº de Estudantes	Plano de Estudos	Anos Curriculares	Créditos UCN	Créditos ECTS	Horas de Contacto	Horas Totais
E:BBC	4	PE_Bioinformática e Biologia Computacional	1	-	6	42	162
M:BBC	4	Plano estudos a partir de 2018	1	-	6	42	162
M:BCM	23	Plano de Estudos Oficial até 2023/2024	1	-	6	42	162

Língua de trabalho

Português - Suitable for English-speaking students

Objetivos

Introdução a ferramentas de Bioinformática na óptica do utilizador. Apresentação de “case-studies” interligados com projectos de investigação a decorrer, e enquadramento da abordagem “in silico” que cada caso requer. Contacto com grupos de investigação a trabalhar na área de Biologia.

Resultados de aprendizagem e competências

Familiarização dos alunos com diversas ferramentas bioinformáticas e aquisição da capacidade de mobilizar e integrar recursos bioinformáticos (familiarização com bases de dados e ferramentas) na resposta a um determinado problema.

Modo de trabalho

Presencial

Programa

Introdução à análise in silico de genomas. Considerações sobre aplicações bioinformáticas com interfaces gráficas intuitivas.

Projectos de Sequenciação de Genomas. Mapas genéticos e físicos.Principais bases de dados. Pesquisa em bancos de dados (data-mining).

Identificação de grelhas de leitura aberta (ORF Finding). Busca de similaridade entre sequências (BLAST no NCBI). Alinhamento múltiplo de sequências (ClustalW2 no EBI). Pesquisa e manipulação de sequências de DNA usando BLAST/MEGA. Análise filogenética. Exercícios.

Plataformas de genómica comparativa: EDGAR; MaGe; CoGe. Vantagens e limitações de cada uma. Resolução de exercícios.

Outras ferramentas bioinformáticas úteis em biologia molecular.

Introdução ao Geneious. Resolução de exercícios.

Bibliografia Obrigatória

Albuquerque et al. ; DNA signature-based approaches for bacterial detection and identification, Elsevier, 2009

Métodos de ensino e atividades de aprendizagem

Apresentação de 'case study' seguida de treino, em sala de computadores, das ferramentas de bioinformática envolvidas e resolução de problemas. 

Apresentação de um trabalho focado num problema específico. Apresentações orais. Exame Final.

Tipo de avaliação

Avaliação distribuída com exame final

Componentes de Avaliação

Designação	Peso (%)
Exame	50,00
Trabalho escrito	25,00
Trabalho prático ou de projeto	25,00
Total:	100,00

Componentes de Ocupação

Designação	Tempo (Horas)
Estudo autónomo	60,00
Frequência das aulas	42,00
Trabalho escrito	60,00
Total:	162,00

Obtenção de frequência

Condições de Frequência:

Presença em 75 % das aulas

Envio de trabalhos solicitados para a plataforma de E-learning

Apresentações orais

Relatório escrito/Exame final

Fórmula de cálculo da classificação final

Exame final escrito (incluindo relatório) - 50%

Trabalho prático - 25%

Trabalho escrito - 25%