Análise in Silico de Genomas, Proteomas e Transcriptomas

Código:

BIOL4027

Sigla:

BIOL4027

Áreas Científicas
Classificação	Área Científica
OFICIAL	Biologia

Ocorrência: 2018/2019 - 2S

Ativa?	Sim
Unidade Responsável:	Departamento de Biologia
Curso/CE Responsável:	Bioinformática e Biologia Computacional

Ciclos de Estudo/Cursos

Sigla	Nº de Estudantes	Plano de Estudos	Anos Curriculares	Créditos UCN	Créditos ECTS	Horas de Contacto	Horas Totais
E:BBC	0	PE_Bioinformática e Biologia Computacional	1	-	6	42	162
M:BBC	1	Plano estudos a partir de 2018	1	-	6	42	162

Língua de trabalho

Português - Suitable for English-speaking students

Objetivos

Introdução a ferramentas de Bioinformática na óptica do utilizador. Apresentação de “case-studies” interligados com projectos de investigação a decorrer, e enquadramento da abordagem “in silico” que cada caso requer. Contacto com grupos de investigação a trabalhar na área de Biologia.

Resultados de aprendizagem e competências

Familiarização dos alunos com diversas ferramentas bioinformáticas e aquisição da capacidade de mobilizar e integrar recursos bioinformáticos (familiarização com bases de dados e ferramentas) na resposta a um determinado problema.

Modo de trabalho

Presencial

Programa

Projectos de Sequenciação de Genomas. Mapas genéticos e físicos.Principais bases de dados. Pesquisa em bancos de dados (data-mining) Identificação de grelhas de leitura aberta (ORF Finding). Busca de similaridad entre sequências (BLAST no NCBI). Alinhamento múltiplo de sequências (ClustalW2 no EBI). Pesquisa e manipulação de sequências de DNA usando BLAST/MEGA. Análise filogenética.

Métodos baseados em “assinaturas de DNA”. Pesquisa e selecção in silico de marcadores moleculares. Pfam (base de dados de domínios proteicos), análise de ORF’s específicas no CUPID, escolha de assinaturas de DNA com “Insígnia”.
Proteómica: Fundamentos, Aplicações e Ferramentas de análise Bioinformática.
Caracterização in silico de proteínas. Propriedades bioquímicas e modificações pós-traducionais.
Biologia estrutural e modelagem molecular.
Genética populacional e domesticação de plantas. Utilização do software  “Structure” e “R”.

Bibliografia Obrigatória

Albuquerque et al. ; DNA signature-based approaches for bacterial detection and identification, Elsevier, 2009

Métodos de ensino e atividades de aprendizagem

Apresentação de 'case study' seguida de treino, em sala de computadores, das ferramentas de bioinformática envolvidas e resolução de problemas. 

Apresentação de um trabalho focado num problema específico. Apresentações orais. Exame Final.

Tipo de avaliação

Avaliação distribuída com exame final

Componentes de Avaliação

Designação	Peso (%)
Exame	50,00
Trabalho escrito	25,00
Trabalho prático ou de projeto	25,00
Total:	100,00

Componentes de Ocupação

Designação	Tempo (Horas)
Estudo autónomo	120,00
Frequência das aulas	42,00
Total:	162,00

Obtenção de frequência

Condições de Frequência:

Presença em 90 % das aulas

Envio de trabalhos solicitados para a plataforma de E-learning

Apresentações orais

Relatório escrito/Exame final/Trabalho prático

Fórmula de cálculo da classificação final

Exame final escrito (incluindo relatório) - 50%

Trabalho prático sobre uma aplicação bioinformática - 25%

Relatório - 25%