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Simulação Molecular

Código: Q3023     Sigla: Q3023     Nível: 300

Áreas Científicas
Classificação Área Científica
OFICIAL Química

Ocorrência: 2016/2017 - 2S Ícone do Moodle

Ativa? Sim
Unidade Responsável: Departamento de Química e Bioquímica
Curso/CE Responsável: Licenciatura em Química

Ciclos de Estudo/Cursos

Sigla Nº de Estudantes Plano de Estudos Anos Curriculares Créditos UCN Créditos ECTS Horas de Contacto Horas Totais
L:Q 4 Plano estudos a partir do ano letivo 2016/17 3 - 6 56 162

Docência - Responsabilidades

Docente Responsabilidade
Alexandre Lopes de Magalhães Regente

Docência - Horas

Teorico-Prática: 2,00
Práticas Laboratoriais: 2,00
Tipo Docente Turmas Horas
Teorico-Prática Totais 1 2,00
Alexandre Lopes de Magalhães 2,00
Práticas Laboratoriais Totais 1 2,00
Alexandre Lopes de Magalhães 2,00

Língua de trabalho

Português - Suitable for English-speaking students

Objetivos

Relacionar propriedades macroscópicas de gases e líquidos com o comportamento desses sistemas a nível atomístico.

Resultados de aprendizagem e competências

No final desta unidade curricular o estudante deve saber:

  • Relacionar propriedades termodinâmicas macroscópicas com o comportamento atomístico dos sistemas.
  • Discutir e distinguir as diferentes limitações de aplicabilidade dos métodos de simulação de Dinâmica Molecular e de Monte Carlo.
  • Saber lançar cálculos computacionais baseados nestes dois métodos e saber interpretar os resultados.

Modo de trabalho

Presencial

Programa

Tópicos teóricos:

  1. Introdução à Termodinâmica Estatística.
  2. Cálculo de propriedades termodinâmicas simples.
  3. Introdução ao método de Dinâmica Molecular (DM).
  4. Campo de Forças: tratamento do potencial de interação entre partículas.
  5. Introdução ao método de Monte Carlo (MC).

 

Aplicações práticas:

Utilização do programa de simulação GROMACS, bem como de programas de visualização/manuseamento dos resultados DM (VMD e Xmgrace).

Utilização do programa de simulação de MCCCS Towhee.

Realização de trabalhos práticos com aplicações de simulações de gases e líquidos simples; de iões solvatados com água e outros solventes; de sistemas mais complexos como proteínas.

Bibliografia Obrigatória

Hinchliffe Alan; Molecular modelling for beginners. ISBN: 9780470513149

Métodos de ensino e atividades de aprendizagem

As aulas decorrem numa sala equipada com vídeo projetor e computadores/terminais (um por estudante).

Sincronização entre exposição dos tópicos teóricos por parte do professor e aplicação por parte dos alunos no computador.

Execução de trabalhos práticos individuais onde se promove a autonomia do estudante e o diálogo com colegas e professor, tendo como motivação a necessidade de resolver o problema em causa.

Software

MCCCS Towhee
Gromacs

Tipo de avaliação

Avaliação distribuída sem exame final

Componentes de Avaliação

Designação Peso (%)
Prova oral 20,00
Trabalho escrito 30,00
Trabalho prático ou de projeto 50,00
Total: 100,00

Fórmula de cálculo da classificação final

Nota Final = Prova oral (20%)+Trabalho escrito(30%)+Trabalhos práticos(50%)
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