O Secretariado tem como principal função coadjuvar os Órgãos de Gestão Central, os Departamentos e as Unidades de Investigação e Desenvolvimento (UI&D) nas suas atividades de gestão corrente.

O Secretariado tem as seguintes atribuições:

1. Prestar apoio na elaboração de comunicações internas e externas, convocatórias e informações;
2. Manter atualizadas as bases de dados respeitantes aos diferentes órgãos de gestão da FLUP;
3. Difundir a informação procedente dos órgãos de gestão central, departamentos e UI&D que coadjuva;
4. Manter organizado e atualizado o arquivo dos órgãos e estruturas que apoia;
5. Assegurar o registo e o encaminhamento da correspondência interna e externa da FLUP.