Bioinformática Molecular II

Código:

Q4089

Sigla:

Q4089

Nível:

400

Áreas Científicas
Classificação	Área Científica
OFICIAL	Química

Ocorrência: 2022/2023 - 2S

Ativa?	Sim
Unidade Responsável:	Departamento de Química e Bioquímica
Curso/CE Responsável:	Mestrado em Aplicações em Biotecnologia e Biologia Sintética

Ciclos de Estudo/Cursos

Sigla	Nº de Estudantes	Plano de Estudos	Anos Curriculares	Créditos UCN	Créditos ECTS	Horas de Contacto	Horas Totais
M:ABBS	2	Plano de estudos a partir de 2019/20	1	-	3	21	81

Língua de trabalho

Português e inglês
Obs.: A língua de ensino será o Português se todos os estudantes pertencerem a países de língua oficial portuguesa. Caso contrário, a língua de ensino será o Inglês.

Objetivos

Pretende dar-se aos alunos uma visão abrangente de temas da Bioinformática Molecular atual, em aulas de exposição.
Adicionalmente, em aulas práticas, os alunos são encorajados a desenvolver pequenos protocolos sobre os temas de investigação abordados nas aulas de exposição.

Resultados de aprendizagem e competências

Domínio das diversas ferramentas da bioinformática. Capacidade para modelar estruturas de macromoléculas. Capacidade de modelar complexos através de encaixe molecular.  Sentido crítico e consciência na escolha das ferramentas informáticas mais adequadas ao estudo de cada problema da bioquímica.

Modo de trabalho

Presencial

Programa

Aulas Teóricas
1. Triagem virtual
2. Métodos híbridos QM/MM

 
Aulas Práticas
Desenvolvimento de protocolos incidindo sobre os conteúdos das aulas teóricas.

Bibliografia Obrigatória

Simoes, I. C. M., Costa, I. P. D., Coimbra, J. T. S., Ramos, M. J., & Fernandes, P. A; New Parameters for Higher Accuracy in the Computation of Binding Free Energy Differences upon Alanine Scanning Mutagenesis on Protein-Protein Interfaces, Journal of Chemical Information and Modeling, 57(1), 60-72. doi:10.1021/acs.jcim.6b00378
Sousa, S. F., Ribeiro, A. J. M., Neves, R. P. P., Bras, N. F., Cerqueira, N., Fernandes, P. A., & Ramos, M. J.; Application of quantum mechanics/molecular mechanics methods in the study of enzymatic reaction mechanisms, Wiley Interdisciplinary Reviews-Computational Molecular Science, 7(2). doi:10.1002/wcms.1281
João Marques Sousa, Matilde Ribeiro Viegas, Pedro Teixeira Ferreira, Pedro Coelho Paiva, Ana Luísa Oliveira, Pedro Alexandrino Fernandes, Maria João Ramos; Bioinformática Molecular, Faculdade de Ciências, Universidade do Porto, 2020

Métodos de ensino e atividades de aprendizagem

Aulas teóricas, por vezes de exposição, por vezes apoiadas em workshops dadas com computador operados pelos alunos.
Aulas práticas dadas em laboratório de computação operadas pelos alunos em computador (um aluno por computador).

Tipo de avaliação

Avaliação distribuída sem exame final

Componentes de Avaliação

Designação	Peso (%)
Trabalho prático ou de projeto	50,00
Exame	50,00
Total:	100,00

Componentes de Ocupação

Designação	Tempo (Horas)
Estudo autónomo	30,00
Frequência das aulas	40,00
Trabalho escrito	30,00
Total:	100,00

Obtenção de frequência

Frequência de 75% das aulas práticas, apresentação de um relatório (75%) do trabalho realizado nas aulas práticas, apresentação de um pequeno trabalho escrito (15%) e apresentação oral do mesmo (10%).

Fórmula de cálculo da classificação final

A nota final da disciplina de Bioinformática Molecular I consiste na soma das notas teórica e prática:

-Nota Teórica
A nota teórica corresponde a 50% da nota obtida no exame final

-Nota Prática
A nota prática corresponde à avaliação contínua (25% da nota final) e relatório (25% da nota final)do trabalho de investigação realizado nas aulas práticas. O seu valor total é de 50% da nota final.

Melhoria de classificação

Oral realizada sobre a matéria dada em todas as aulas teóricas e práticas da disciplina.