Bioinformática

Código:

Q4025

Sigla:

Q4025

Nível:

400

Áreas Científicas
Classificação	Área Científica
OFICIAL	Química

Ocorrência: 2021/2022 - 2S

Ativa?	Sim
Página Web:	https://moodle.up.pt/course/view.php?id=1552
Unidade Responsável:	Departamento de Química e Bioquímica
Curso/CE Responsável:	Mestrado em Bioquímica

Ciclos de Estudo/Cursos

Sigla	Nº de Estudantes	Plano de Estudos	Anos Curriculares	Créditos UCN	Créditos ECTS	Horas de Contacto	Horas Totais
M:BQ	3	Plano de Estudos do MBIOQ_2013-2014	1	-	6	56	162

Língua de trabalho

Português

Objetivos

Pretende dar-se aos alunos uma visão abrangente de temas da Bioinformática molecular actual. Adicionalmente, nas aulas práticas, os alunos são encorajados a desenvolver pequenos projectos de investigação.

Resultados de aprendizagem e competências

Domínio das diversas ferramentas da bioinformática molecular. Capacidade de identificar compostos bioativos por varrimento virtual. Capacidade para modelar estruturas de macromoléculas. Capacidade em estudar computacionalmente a reactividade de sistemas (bio)químicos. Sentido crítico e consciência na escolha das ferramentas informáticas mais adequadas ao estudo de cada problema da bioquímica.

Modo de trabalho

Presencial

Programa

Aulas Teóricas

1. Estrututura e modelação de proteínas.
2. Mecânica molecular.
3. Docking proteína-ligando. 
4. Screening virtual.
5. Mutagénese computacional.
6. Estrutura Electrónica e Reactividade enzimática.

Aulas Práticas

Desenvolvimento de pequenos projectos de investigação nas áreas abrangidas pelos conteúdos das aulas teóricas.

Bibliografia Obrigatória

Leach Andrew R.; Molecular modelling. ISBN: 0-582-38210-6
Sousa, S. F., Ribeiro, A. J. M., Neves, R. P. P., Bras, N. F., Cerqueira, N., Fernandes, P. A., & Ramos, M. J.; Application of quantum mechanics/molecular mechanics methods in the study of enzymatic reaction mechanisms, Wiley Interdisciplinary Reviews-Computational Molecular Science, 7(2). doi:10.1002/wcms.1281, 2017
Simoes, I. C. M., Costa, I. P. D., Coimbra, J. T. S., Ramos, M. J., & Fernandes, P. A.; New Parameters for Higher Accuracy in the Computation of Binding Free Energy Differences upon Alanine Scanning Mutagenesis on Protein-Protein Interfaces, Journal of Chemical Information and Modeling, 57(1), 60-72. doi:10.1021/acs.jcim.6b00378
Cerqueira, N., Gesto, D., Oliveira, E. F., Santos-Martins, D., Bras, N. F., Sousa, S. F., Fernandes P. A., Ramos, M. J.; Receptor-based virtual screening protocol for drug discovery, Archives of Biochemistry and Biophysics, 582, 56-67. doi:10.1016/j.abb.2015.05.011

Métodos de ensino e atividades de aprendizagem

Aulas teóricas, por vezes de exposição, por vezes apoiadas em workshops dadas com computador operados pelos alunos.
Aulas práticas dadas em laboratório de computação operadas pelos alunos em computador (um aluno por computador).

Tipo de avaliação

Avaliação distribuída com exame final

Componentes de Avaliação

Designação	Peso (%)
Exame	50,00
Apresentação/discussão de um trabalho científico	25,00
Participação presencial	25,00
Total:	100,00

Componentes de Ocupação

Designação	Tempo (Horas)
Elaboração de relatório/dissertação/tese	24,00
Estudo autónomo	70,00
Frequência das aulas	56,00
Total:	150,00

Obtenção de frequência

Frequência de 75% das aulas práticas e apresentação oral do trabalho de investigação realizado nessas mesmas aulas práticas.

Fórmula de cálculo da classificação final

A Nota Final da disciplina de Bioinformática consiste na média da soma da nota obtida no exame final e da nota obtida aulas práticas e correspondente relatório realizado pelo aluno.

Nota Teórica
A nota teórica é dada, na sua maioria, pela nota do exame teórico final cuja data é fixada pelo Conselho Pedagógico da F.C.U.P. O seu valor é de 50% da nota final.

Nota Prática
A nota prática corresponde à avaliação contínua (15% da nota final), à nota de uma apresentação oral (10% da nota final) e relatório (25% da nota final)do trabalho de investigação realizado nas aulas práticas. O seu valor é de 50% da nota final.

Provas e trabalhos especiais

Apresentação oral sobre o projecto de investigação realizado nas aulas práticas.

Melhoria de classificação

Repetição do exame final.