Paulo Aguiar licenciou-se em Engª Física Tecnológica pelo Instituto Superior Técnico (Univ. Lisboa), e doutorou-se em Neurociência Computacional pelo Institute for Adaptive and Neural Computation, Universidade de Edimburgo, Reino Unido, em 2006. A sua área de investigação é sobretudo em neurociência, e tem como interesse principal o estudo dos mecanismos de processamento e armazenamento de informação em circuitos neuronais.
É líder do grupo de investigação NCN - Neuroengenharia e Neurociência Computacional, no i3S - Instituto de Investigação e Inovação em Saúde. A sua equipa multidisciplinar combina conhecimentos em neurobiologia, biofísica, engenharia e computação, para revelar e reparar função neuronal.