Eliseu Gonçalves é arquitecto, diplomado em 1994 pela Faculdade de Arquitectura da Universidade do Porto (FAUP). Prémio Fundação Eng. António de Almeida. Desde 1999 é docente na FAUP na área científica Arquitectura e Construção. Da sua actividade profissional no âmbito da Arquitectura e do Urbanismo destaca-se a requalificação das frentes ribeirinhas da cidade do Porto e de Vila do Conde (com o arquitecto Manuel Fernandes de Sá); ainda, a reabilitação de edificios para habitação e a construção de algumas moradias localizadas, sobretudo, no norte de Portugal.
No âmbito dos seus interesses e investigação académica, tem dado especial atenção à relação entre o projeto de Arquitetura e a Construção a partir dos seguintes temas: arquitetura industrial portuguesa (história do betão armado - itinerários e tecnologias no contexto do modernismo); a especialização do saber (arquitetos e engenheiros na passagem da ‘cultura da compressão’ para a ‘cultura da tração’); infraestruturação da casa e conforto moderno na primeira metade do século XX; clima e forma arquitectónica no quadro da "casa bem temperada".
Em 2015 defendeu tese de doutoramento sobre a habitação operária construída no Porto no primeiro terço do século passado, onde são verificadas soluções de habitação corrente desenhadas sobre o imperativo de serem económicas, saudáveis e cómodas no contexto das dinâmicas higienistas e de emancipação social pré-modernas.
Desde 2009 é membro do grupo de investigação Atlas da Casa do Centro de Estudos de Arquitetura e Urbanismo CEAU/FAUP. Actualmente é o coordenador do Projecto de Investigação I&D "Mapping Public Housing. A critical review of the State-subsidized residential architecture in Portugal (1910-1974)" - financiamento FCT, PTDC/CPC-HAT/1688/2014.