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A CNCA tem por missão, gerir e operacionalizar infraestruturas de computação avançada, apoiar atividades de investigação científica, de desenvolvimento tecnológico, de transferência e valorização de conhecimento, de qualificação de recursos humanos e de prestação de serviços, incluindo consultoria especializada, nas áreas cientifico tecnológicas reconhecidas como constituintes de computação avançada, bem como dos dados de investigação.