O CNUP tem por objeto o exercício da atividade de investigação cientifica, desenvolvimento tecnológico e ações de formação em domínios da Neurobiologia, nomeadamente Neuromorfologia, Neuroquímica e Neurobiologia Molecular. Compete-lhe também organizar e realizar cursos de mestrado, especialização ou atualização nos domínios que lhe são específicos; Igualmente lhe compete colaborar com organismos universitários e assistenciais, públicos e privados, no ensaio de fármacos e na esquematização de outras atitudes terapêuticas, podendo estabelecer acordos preferenciais de cooperação com a indústria privada e a engenharia biomédica.