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Publicações

mtDNAoffice: A software to assign human mtDNA macro haplogroups through automated analysis of the protein coding region

Título
mtDNAoffice: A software to assign human mtDNA macro haplogroups through automated analysis of the protein coding region
Tipo
Artigo em Revista Científica Internacional
Ano
2012
Autores
Ines Soares
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Antonio Amorim
(Autor)
FCUP
Revista
Título: MitochondrionImportada do Authenticus Pesquisar Publicações da Revista
Vol. 12
Páginas: 666-668
ISSN: 1567-7249
Editora: Elsevier
Classificação Científica
FOS: Ciências exactas e naturais > Ciências biológicas
Outras Informações
ID Authenticus: P-002-3R2
Abstract (EN): We describe a fast, automated process to determine distances between mtDNA sequences allowing their subsequent clustering and haplogroup assignment that may increase the speed of data analysis and avoid human errors. In order to avoid complexities/ambiguities resulting from recurrence and insertion/deletion phenomena and thus improving evolutionary signal-to-noise ratio, protein coding sequences were compared using a vectorial representation method, and the corresponding genetic distance matrix was used for the construction of a neighbor-joining/UPGMA tree or an MDS graphic, which generally agrees with the consensus mtDNA phylogeny. mtDNAoffice software, detailed instructions and example files are freely available on the web at http://www.portugene.com/SupMat/setupmtDNAoffice.rar.
Idioma: Inglês
Tipo (Avaliação Docente): Científica
Contacto: isoares@ipatimup.pt
Nº de páginas: 3
Documentos
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