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New designs for inhibitors of the NF-kappa B: DNA binding

Título

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Tipo

Artigo em Revista Científica Internacional

Data

2005

Título

New designs for inhibitors of the NF-kappa B: DNA binding

Tipo

Artigo em Revista Científica Internacional

Ano

2005

Autores

Fernandes, PA

(Autor)

FCUP

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Maia, ARR

(Autor)

Outra

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Almeida, AAS

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Silva, BFB

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Ribeiro, CMS

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Ribeiro, CFB

(Autor)

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Ribeiro, DSM

(Autor)

Outra

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Fonseca, DAP

(Autor)

Outra

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Henriques, ES

(Autor)

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Cunha, EMS

(Autor)

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Maia, FRNC

(Autor)

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Pereira, JAA

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Pacheco, JPG

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Ferreira, JAAD

(Autor)

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Matos, LRC

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Pinto, MABP

(Autor)

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Borges, MCS

(Autor)

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Magalhaes, PJCR

(Autor)

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Teixeira, PFRD

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Veloso, PNBC

(Autor)

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Ferreira, RJF

(Autor)

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Gomes, SS

(Autor)

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Barros, TF

(Autor)

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Selao, TSJT

(Autor)

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Pande, V

(Autor)

Outra

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Fernandes, VMMC

(Autor)

Outra

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Ramos, MJ

(Autor)

FCUP

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Revista

Título: Theoretical Chemistry AccountsImportada do Authenticus Pesquisar Publicações da Revista

Vol. 113

Páginas: 197-204

ISSN: 1432-881X

Editora: Springer Nature

Indexação

ISI Web of Knowledge - 2 Citações

Scopus - 2 Citações

Classificação Científica

FOS: Ciências exactas e naturais > Química

Outras Informações

ID Authenticus: P-000-3R7

DOI: 10.1007/s00214-005-0628-1

Abstract (EN): We present a series of new inhibitors of the association between nuclear factor kappa B ( NF-κ B) and the corresponding κ B site in DNA. They were designed using the lead compound 15-deoxy-&UDelta;(12,14)-prostaglandin J(2) (PGJ2), which is a natural product with demonstrated inhibitory efficiency for this system. First, the binding mode of PGJ2 to NF-κ B was unraveled by GOLD docking calculation. Subsequently, substitutions were made to PGJ2 to optimize its association with NF-κ B. Care was taken not to strongly increase the reactivity of the new compounds, and to keep the overall shape, size and hydrophilicity of the lead compound, which should render them a similar bioavailability. Molecular mechanics calculations were performed to decide on the suitability of the substitutions, and to evaluate the energies of association with NF-κ B. Density functional theory calculations were performed also to study the overall reactivity of the substituted drugs towards NF-κ B. Important general conclusions were obtained, concerning the improvement of these natural inhibitors; namely, a set of rational methodologies were deduced to improve the association between the PGJ2 derivatives and NF-κ B, and their efficiency demonstrated by generating a set of substituted complexes, some of them with a very much increased affinity for NF-κ B, opening new doors to enlarge the therapeutic capabilities of this class of drugs.

Idioma: Inglês

Tipo (Avaliação Docente): Científica

Contacto: mjramos@fu.up.pt

Nº de páginas: 8

Documentos

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