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Publicações

Co-expression networks reveal the tissue-specific regulation of transcription and splicing

Título
Co-expression networks reveal the tissue-specific regulation of transcription and splicing
Tipo
Artigo em Revista Científica Internacional
Ano
2017
Autores
Saha A.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Kim Y.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Gewirtz A.D.H.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Jo B.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Gao C.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
McDowell I.C.
(Autor)
Outra
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Engelhardt B.E.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Battle A.
(Autor)
Outra
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Aguet F.
(Autor)
Outra
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Ardlie K.G.
(Autor)
Outra
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Cummings B.B.
(Autor)
Outra
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Gelfand E.T.
(Autor)
Outra
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Getz G.
(Autor)
Outra
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Hadley K.
(Autor)
Outra
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Handsaker R.E.
(Autor)
Outra
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Huang K.H.
(Autor)
Outra
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Kashin S.
(Autor)
Outra
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Karczewski K.J.
(Autor)
Outra
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Lek M.
(Autor)
Outra
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Li X.
(Autor)
Outra
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MacArthur D.G.
(Autor)
Outra
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Nedzel J.L.
(Autor)
Outra
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Nguyen D.T.
(Autor)
Outra
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Noble M.S.
(Autor)
Outra
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Segrè A.V.
(Autor)
Outra
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Trowbridge C.A.
(Autor)
Outra
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Tukiainen T.
(Autor)
Outra
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Abell N.S.
(Autor)
Outra
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Balliu B.
(Autor)
Outra
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Barshir R.
(Autor)
Outra
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Basha O.
(Autor)
Outra
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Battle A.
(Autor)
Outra
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Bogu G.K.
(Autor)
Outra
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Brown A.
(Autor)
Outra
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Brown C.D.
(Autor)
Outra
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Castel S.E.
(Autor)
Outra
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Chen L.S.
(Autor)
Outra
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Chiang C.
(Autor)
Outra
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Conrad D.F.
(Autor)
Outra
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Cox N.J.
(Autor)
Outra
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Damani F.N.
(Autor)
Outra
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Davis J.R.
(Autor)
Outra
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Delaneau O.
(Autor)
Outra
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Dermitzakis E.T.
(Autor)
Outra
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Engelhardt B.E.
(Autor)
Outra
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Eskin E.
(Autor)
Outra
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Ferreira P.G.
(Autor)
Outra
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Frésard L.
(Autor)
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Gamazon E.R.
(Autor)
Outra
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Garrido-Martín D.
(Autor)
Outra
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Gliner G.
(Autor)
Outra
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Gloudemans M.J.
(Autor)
Outra
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Guigo R.
(Autor)
Outra
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Hall I.M.
(Autor)
Outra
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Han B.
(Autor)
Outra
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He Y.
(Autor)
Outra
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Hormozdiari F.
(Autor)
Outra
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Howald C.
(Autor)
Outra
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Im H.K.
(Autor)
Outra
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Kang E.Y.
(Autor)
Outra
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Kim-Hellmuth S.
(Autor)
Outra
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Lappalainen T.
(Autor)
Outra
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Li G.
(Autor)
Outra
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Li X.
(Autor)
Outra
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Liu B.
(Autor)
Outra
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Mangul S.
(Autor)
Outra
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McCarthy M.I.
(Autor)
Outra
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Mohammadi P.
(Autor)
Outra
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Monlong J.
(Autor)
Outra
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Montgomery S.B.
(Autor)
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Muñoz-Aguirre M.
(Autor)
Outra
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Ndungu A.W.
(Autor)
Outra
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Nicolae D.L.
(Autor)
Outra
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Nobel A.B.
(Autor)
Outra
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Oliva M.
(Autor)
Outra
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Ongen H.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Palowitch J.J.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Panousis N.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Papasaikas P.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Park Y.S.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Parsana P.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Payne A.J.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Peterson C.B.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Quan J.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Reverter F.
(Autor)
Outra
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Sabatti C.
(Autor)
Outra
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Sammeth M.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Scott A.J.
(Autor)
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Shabalin A.A.
(Autor)
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Sodaei R.
(Autor)
Outra
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Stephens M.
(Autor)
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Stranger B.E.
(Autor)
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Strober B.J.
(Autor)
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Sul J.H.
(Autor)
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Tsang E.K.
(Autor)
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Urbut S.
(Autor)
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van de Bunt M.
(Autor)
Outra
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Wang G.
(Autor)
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Wen X.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Wright F.A.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Revista
Título: Genome ResearchImportada do Authenticus Pesquisar Publicações da Revista
Vol. 27
Páginas: 1843-1858
ISSN: 1088-9051
Indexação
Outras Informações
ID Authenticus: P-00X-9E4
Abstract (EN): Gene co-expression networks capture biologically important patterns in gene expression data, enabling functional analyses of genes, discovery of biomarkers, and interpretation of genetic variants. Most network analyses to date have been limited to assessing correlation between total gene expression levels in a single tissue or small sets of tissues. Here, we built networks that additionally capture the regulation of relative isoform abundance and splicing, along with tissue-specific connections unique to each of a diverse set of tissues. We used the Genotype-Tissue Expression (GTEx) project v6 RNA sequencing data across 50 tissues and 449 individuals. First, we developed a framework called Transcriptome-Wide Networks (TWNs) for combining total expression and relative isoform levels into a single sparse network, capturing the interplay between the regulation of splicing and transcription. We built TWNs for 16 tissues and found that hubs in these networks were strongly enriched for splicing and RNA binding genes, demonstrating their utility in unraveling regulation of splicing in the human transcriptome. Next, we used a Bayesian biclustering model that identifies network edges unique to a single tissue to reconstruct Tissue-Specific Networks (TSNs) for 26 distinct tissues and 10 groups of related tissues. Finally, we found genetic variants associated with pairs of adjacent nodes in our networks, supporting the estimated network structures and identifying 20 genetic variants with distant regulatory impact on transcription and splicing. Our networks provide an improved understanding of the complex relationships of the human transcriptome across tissues.
Idioma: Inglês
Tipo (Avaliação Docente): Científica
Nº de páginas: 15
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