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Identifying cis-mediators for trans-eQTLs across many human tissues using genomic mediation analysis

Título
Identifying cis-mediators for trans-eQTLs across many human tissues using genomic mediation analysis
Tipo
Artigo em Revista Científica Internacional
Ano
2017
Autores
Yang F.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Wang J.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Pierce B.L.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Chen L.S.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Aguet F.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Ardlie K.G.
(Autor)
Outra
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Cummings B.B.
(Autor)
Outra
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Gelfand E.T.
(Autor)
Outra
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Getz G.
(Autor)
Outra
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Hadley K.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Handsaker R.E.
(Autor)
Outra
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Huang K.H.
(Autor)
Outra
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Kashin S.
(Autor)
Outra
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Karczewski K.J.
(Autor)
Outra
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Lek M.
(Autor)
Outra
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Li X.
(Autor)
Outra
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MacArthur D.G.
(Autor)
Outra
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Nedzel J.L.
(Autor)
Outra
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Nguyen D.T.
(Autor)
Outra
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Noble M.S.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Segrè A.V.
(Autor)
Outra
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Trowbridge C.A.
(Autor)
Outra
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Tukiainen T.
(Autor)
Outra
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Abell N.S.
(Autor)
Outra
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Balliu B.
(Autor)
Outra
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Barshir R.
(Autor)
Outra
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Basha O.
(Autor)
Outra
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Battle A.
(Autor)
Outra
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Bogu G.K.
(Autor)
Outra
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Brown A.
(Autor)
Outra
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Brown C.D.
(Autor)
Outra
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Castel S.E.
(Autor)
Outra
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Chiang C.
(Autor)
Outra
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Conrad D.F.
(Autor)
Outra
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Cox N.J.
(Autor)
Outra
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Damani F.N.
(Autor)
Outra
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Davis J.R.
(Autor)
Outra
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Delaneau O.
(Autor)
Outra
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Dermitzakis E.T.
(Autor)
Outra
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Engelhardt B.E.
(Autor)
Outra
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Eskin E.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Ferreira P.G.
(Autor)
Outra
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Frésard L.
(Autor)
Outra
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Gamazon E.R.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Garrido-Martín D.
(Autor)
Outra
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Gewirtz A.D.H.
(Autor)
Outra
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Gliner G.
(Autor)
Outra
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Gloudemans M.J.
(Autor)
Outra
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Guigo R.
(Autor)
Outra
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Hall I.M.
(Autor)
Outra
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Han B.
(Autor)
Outra
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He Y.
(Autor)
Outra
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Hormozdiari F.
(Autor)
Outra
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Howald C.
(Autor)
Outra
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Im H.K.
(Autor)
Outra
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Jo B.
(Autor)
Outra
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Kang E.Y.
(Autor)
Outra
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Kim Y.
(Autor)
Outra
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Kim-Hellmuth S.
(Autor)
Outra
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Lappalainen T.
(Autor)
Outra
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Li G.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Li X.
(Autor)
Outra
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Liu B.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Mangul S.
(Autor)
Outra
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McCarthy M.I.
(Autor)
Outra
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McDowell I.C.
(Autor)
Outra
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Mohammadi P.
(Autor)
Outra
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Monlong J.
(Autor)
Outra
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Montgomery S.B.
(Autor)
Outra
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Muñoz-Aguirre M.
(Autor)
Outra
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Ndungu A.W.
(Autor)
Outra
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Nicolae D.L.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Nobel A.B.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Oliva M.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Ongen H.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Palowitch J.J.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Panousis N.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Papasaikas P.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Park Y.S.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Parsana P.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Payne A.J.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Peterson C.B.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Quan J.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Reverter F.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Sabatti C.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Saha A.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Sammeth M.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Scott A.J.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Shabalin A.A.
(Autor)
Outra
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Sodaei R.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Stephens M.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Stranger B.E.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Strober B.J.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Sul J.H.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Tsang E.K.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Urbut S.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
van de Bunt M.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Wang G.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Wen X.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Wright F.A.
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Revista
Título: Genome ResearchImportada do Authenticus Pesquisar Publicações da Revista
Vol. 27
Páginas: 1859-1871
ISSN: 1088-9051
Indexação
Outras Informações
ID Authenticus: P-00X-9E5
Abstract (EN): The impact of inherited genetic variation on gene expression in humans is well-established. The majority of known expression quantitative trait loci (eQTLs) impact expression of local genes (cis-eQTLs). More research is needed to identify effects of genetic variation on distant genes (trans-eQTLs) and understand their biological mechanisms. One common trans-eQTLs mechanism is ¿mediation¿ by a local (cis) transcript. Thus, mediation analysis can be applied to genome-wide SNP and expression data in order to identify transcripts that are ¿cis-mediators¿ of trans-eQTLs, including those ¿cis-hubs¿ involved in regulation of many trans-genes. Identifying such mediators helps us understand regulatory networks and suggests biological mechanisms underlying trans-eQTLs, both of which are relevant for understanding susceptibility to complex diseases. The multitissue expression data from the Genotype-Tissue Expression (GTEx) program provides a unique opportunity to study cis-mediation across human tissue types. However, the presence of complex hidden confounding effects in biological systems can make mediation analyses challenging and prone to confounding bias, particularly when conducted among diverse samples. To address this problem, we propose a new method: Genomic Mediation analysis with Adaptive Confounding adjustment (GMAC). It enables the search of a very large pool of variables, and adaptively selects potential confounding variables for each mediation test. Analyses of simulated data and GTEx data demonstrate that the adaptive selection of confounders by GMAC improves the power and precision of mediation analysis. Application of GMAC to GTEx data provides new insights into the observed patterns of cis-hubs and trans-eQTL regulation across tissue types.
Idioma: Inglês
Tipo (Avaliação Docente): Científica
Nº de páginas: 12
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