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Publicações

The effects of death and post-mortem cold ischemia on human tissue transcriptomes

Título
The effects of death and post-mortem cold ischemia on human tissue transcriptomes
Tipo
Artigo em Revista Científica Internacional
Ano
2018
Autores
Ferreira, PG
(Autor)
Outra
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Munoz Aguirre, M
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Reverter, F
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Sa Godinho, CPS
(Autor)
Outra
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Sousa, A
(Autor)
Outra
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Amadoz, A
(Autor)
Outra
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Sodaei, R
(Autor)
Outra
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Hidalgo, MR
(Autor)
Outra
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Pervouchine, D
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Carbonell Caballero, J
(Autor)
Outra
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Nurtdinov, R
(Autor)
Outra
A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. A pessoa não pertence à instituição. Sem AUTHENTICUS Sem ORCID
Breschi, A
(Autor)
Outra
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Amador, R
(Autor)
Outra
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Oliveira, P
(Autor)
Outra
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Cubuk, C
(Autor)
Outra
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Curado, J
(Autor)
Outra
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Aguet, F
(Autor)
Outra
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Oliveira C
(Autor)
FMUP
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Dopazo, J
(Autor)
Outra
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Sammeth, M
(Autor)
Outra
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Ardlie, KG
(Autor)
Outra
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Guigo, R
(Autor)
Outra
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Revista
Vol. 9 Nº 1
ISSN: 2041-1723
Editora: Springer Nature
Classificação Científica
CORDIS: Ciências Naturais > Ciências biológicas > Biologia > Biologia computacional ; Ciências Tecnológicas > Engenharia > Engenharia de computadores
FOS: Ciências exactas e naturais > Ciências da computação e da informação ; Ciências exactas e naturais > Ciências biológicas
Outras Informações
ID Authenticus: P-00N-MK1
Resumo (PT):
Abstract (EN): Post-mortem tissues samples are a key resource for investigating patterns of gene expression. However, the processes triggered by death and the post-mortem interval (PMI) can significantly alter physiologically normal RNA levels. We investigate the impact of PMI on gene expression using data from multiple tissues of post-mortem donors obtained from the GTEx project. We find that many genes change expression over relatively short PMIs in a tissue-specific manner, but this potentially confounding effect in a biological analysis can be minimized by taking into account appropriate covariates. By comparing ante-and postmortem blood samples, we identify the cascade of transcriptional events triggered by death of the organism. These events do not appear to simply reflect stochastic variation resulting from mRNA degradation, but active and ongoing regulation of transcription. Finally, we develop a model to predict the time since death from the analysis of the transcriptome of a few readily accessible tissues.
Idioma: Inglês
Tipo (Avaliação Docente): Divulgação
Nº de páginas: 15
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