As unidades orgânicas de ensino e investigação (faculdades) e as unidades orgânicas de investigação (institutos de investigação) são entidades do modelo organizativo da U.Porto, dotadas de pessoal próprio, podendo ser dotadas de personalidade tributária e que têm uma relação hierárquica direta com o governo central da Universidade do Porto.
Estão sujeitas à fiscalização do órgão de fiscalização financeira da Universidade.
Incluem uma estrutura de auto-governação constituída por um órgão colegial representativo com funções de ordem estratégica e de supervisão, designado Conselho de Representantes, um Diretor eleito pelo Conselho de Representantes e proposto ao Reitor, que reporta perante esse órgão colegial e o Reitor, uma relação hierárquica entre o governo próprio e o governo central da U.Porto, garantindo a concertação de estratégias, a prestação de contas e a intervenção em caso de situação de crise.
Por fim a capacidade para elaborar e aprovar estatutos próprios, embora sujeitos a homologação pelo Reitor. Podem ainda existir outros órgãos de gestão.
Dotadas de autonomia administrativa, podem praticar atos administrativos definitivos, incluindo a capacidade de autorizar despesas, emitir regulamentos e celebrar todos os contratos necessários à sua gestão corrente, nomeadamente contratos e protocolos para a execução de projetos de investigação e desenvolvimento e para a prestação de serviços, contratos de aquisição de bens e serviços, contratos de pessoal e de concessão de bolsas.
A autonomia financeira permite-lhes, nos termos da lei e dos Estatutos da Universidade do Porto, gerir livremente os seus recursos financeiros, provenientes do orçamento do estado e receitas próprias, conforme critérios por si estabelecidos. Neste âmbito, as unidades orgânicas podem incluir nas suas competências a elaboração das propostas dos seus planos plurianuais e dos seus orçamentos (se necessário proceder às propostas de alterações orçamentais, sujeitas à aprovação do Conselho de Gestão da Universidade), a execução dos orçamentos aprovados pelo Conselho Geral, a liquidação e cobrança das receitas próprias, bem como a autorização das despesas e efetuar pagamentos.
Os Serviço Autónomo são entidades do modelo organizativo da U.Porto vocacionadas para assegurar funções a exercer a nível central. Gozam de autonomia administrativa e financeira e dependem do governo central da Universidade do Porto.
Os Serviços de Ação Social, o Centro de Recursos e Serviços Comuns e o Centro de Desporto da Universidade do Porto constituem os serviços autónomos da Universidade.
Os seus estatutos, caso existam, devem ser aprovados pelo Conselho Geral sob proposta do Reitor.