Foi educado em Lisboa e, mais tarde, fixou residência no Porto, onde, em 1883, iniciou a carreira de jornalista no periódico "O Primeiro de Janeiro". Durante nova permanência em Lisboa, colaborou em diversos jornais, como o "Tempo", o "Correio da Noite" e o "Dia".
De regresso ao Porto, fundou "A República Portuguesa", periódico pelo qual passou Sampaio Bruno. João Chagas aproveitou este jornal para lançar ferozes críticas à monarquia, na sequência das quais lhe moveram vários processos. A publicação do artigo intitulado "Basta valeu-lhe uma condenação a 10 dias de prisão na Cadeia e Tribunal da Relação do Porto, datada de 26 de janeiro de 1891.
No dia 30 de Janeiro desse ano publicou um texto anunciador da revolta republicana de 31 de janeiro e, em resultado disso, viu a sua pena agravada, pois foi apontado como um dos principais cabecilhas dessa sublevação.
Condenado a 4 anos de prisão ou a 6 de degredo, foi deportado para Angola. Daí seguiu para Paris, de onde viajou para o Porto em fevereiro de 1892. Aqui viveu na clandestinidade durante 8 meses até ser preso mais uma vez.
Em 1839, após a amnistia concedida aos presos políticos, voltou a dar voz na imprensa escrita ao seu desagrado relativamente ao regime monárquico e, por consequência, foi de novo alvo de processos criminais.
Para fugir à repressão, trocou Portugal pelo país vizinho, fixando-se em Madrid, sem deixar, no entanto, de manter a sua colaboração com o jornal "O País" e de produzir novas obras literárias.
Em 1908, de novo em Portugal, regressou ao cárcere pelo facto de ter participado na revolta de 28 de janeiro. Foi libertado depois do regicídio.
Com a implantação da República, liderou o 1.º Governo Constitucional entre 3 de setembro e 12 de novembro de 1911 e ocupou o posto de embaixador em Paris até à ditadura do General Pimenta de Castro (1915). Após a demissão forçada deste militar e governante, João Chagas foi apontado para suceder a Manuel de Arriaga, mas viu-se impedido de aceitar o cargo devido a um violento atentado.
Recuperado dos ferimentos, retomou o cargo de embaixador (interrompido durante o sidonismo (1917-1918), no exercício do qual se empenhou na participação de Portugal na I Grande Guerra. Mais tarde, integrou a delegação portuguesa na Conferência de Paz e na Assembleia da Sociedade das Nações. Em 1924, abandonou o lugar de diplomata e regressou a Portugal.
João Chagas, publicista, político republicano e fundador da Associação dos Jornalistas e Homens de Letras do Porto, faleceu no Estoril a 28 de maio de 1925, deixando para a posteridade numerosas peças jornalísticas e uma vasta obra literária composta por títulos como "Diário de um condenado político", "Trabalhos Forçados", "As minhas razões" ou "Cartas Políticas", alguns dos quais editados e reeditados postumamente.