A 19 de Maio de 1975, perto das 14 horas, eclodiu um incêndio na ala direita do edifício da Faculdade de Farmácia, que destruiu por completo o primeiro piso e a cobertura e danificou seriamente as dependências do rés-do-chão. O alarme foi dado por transeuntes que passavam nas imediações e, ao local, acorreu cerca de centena e meia de bombeiros.
Pensa-se que o incêndio tenha tido a sua origem num curto-circuito (a instalação eléctrica era antiga e apresentava numerosas deficiências) e que a rapidez com que alastrou e as proporções alarmantes que atingiu se tenham ficado a dever ao facto de toda a estrutura interior da Faculdade ser em madeira. Como agravante, o edifício albergava matérias inflamáveis pertencentes aos laboratórios, tais como reagentes químicos e garrafas de gás. O vento terá ajudado a propagar as chamas. Às 16 horas, o fogo ainda era bastante intenso e apenas uma hora mais tarde foi possível circunscrevê-lo ao 1.º piso.
A rápida propagação das chamas e o perigo de abatimento dos tectos impediu que fossem postos a salvo equipamentos que, no início, ainda se tentou remover para o exterior. Perderam-se muitos dos aparelhos dos laboratórios, parte do recheio da biblioteca, documentos e trabalhos de investigação que se encontravam em curso.
Na ala direita do edifício ficaram destruídos os laboratórios de Física e Química, o Laboratório de Hidrologia, a Secretaria, diversas salas de aula e grande parte da Biblioteca. Na parte central, os danos maiores afectaram o Salão Nobre, de igual modo destruído e, na ala esquerda, os laboratórios de Farmacodinâmica e Farmacognosia. A água e os escombros do 1.º piso foram os principais responsáveis pela destruição parcial do rés-do-chão do edifício, onde tinham as suas instalações os laboratórios de Química-Farmacêutica, de Microbiologia, de Toxicologia, de Biomatologia e do Centro de Estudos Bioquímicos. Apenas ficaram a salvo o Laboratório de Orgânica e as instalações da Cantina. Neste piso, os arquivos da Faculdade, guardados numa caixa-forte, mantiveram-se intactos.
As dimensões do incêndio impediram o funcionamento regular da Faculdade durante algum tempo, afectando as actividades lectivas dos cerca de 400 alunos inscritos. As aulas práticas distribuíram-se entre a parte do edifício não afectada pelo incêndio, o Instituto de Botânica Dr. Gonçalo Sampaio e os laboratórios improvisados num prédio da Rua da Boavista, cedido pelo Dispensário de Higiene Social. As aulas teóricas, interrompidas após o incêndio, foram reatadas no início de Fevereiro de 1977, nas instalações do Grande Colégio Universal, sito na Rua da Boavista, junto à Praça da República.
As obras de recuperação do edifício da Rua de Aníbal Cunha tiveram início em 21 de Novembro de 1977 e ficaram concluídas 5 anos depois.