A FEUP dispõe de um conjunto de Órgãos de Gestão Central e está organizada em Departamentos e Serviços Centrais.
No que respeita à divisão em termos das grandes áreas do conhecimento, delimitadas em função dos objetivos próprios e de metodologias técnicas de investigação científica, a FEUP está organizada em sete departamentos.
Os departamentos da FEUP possuem por órgãos de gestão um conselho do departamento e uma comissão executiva, podendo subdividir-se em secções, sempre que a sua dimensão e a pluralidade das áreas científicas compreendidas o recomende.
Na FEUP estão constituídos oito serviços centrais de apoio.