O Museu de História Natural foi fundado em 1996 e teve desde então uma parte significativa das suas instalações no Edifício Histórico da Universidade do Porto, onde se encontra atualmente instalada a Reitoria.
Numa fase anterior integrava os acervos museológicos provenientes dos anteriores departamentos de Botânica, Geologia e Zoologia e Antropologia da Faculdade de Ciências da Universidade do Porto (FCUP), compreendendo:
- Núcleo de Mineralogia Montenegro de Andrade
Integra cerca de setecentas amostras de minerais, incluindo uma coleção geral, sistemática, exemplos de associações de minerais, alguns minerais fluorescentes à luz ultravioleta e ainda pedras preciosas e ornamentais;
- Núcleo de Antropologia e Pré-História Mendes Corrêa
Contem um acervo representativo do percurso da evolução humana, incluindo peças das indústrias líticas, bem como do culto funerário, dos diferentes períodos da História, resultantes de achados nacionais e estrangeiros;
- Núcleo de Paleontologia Wenceslau de Lima
Neste núcleo encontram-se representadas coleções básicas de Estratigrafia e Paleontologia Portuguesas, bem como fósseis de outras procedências;
- Núcleo de Zoologia Augusto Nobre
As coleções mais importantes conservadas neste núcleo são representativas da diversidade de moluscos, insetos e aves de Portugal; além destas, contem um importante acervo de aves e mamíferos de África e da América do Sul.
- Herbário da Universidade do Porto
Uma impressionante coleção de botânica contendo dezenas de milhares de espécimes, representativas de todos os grupos tradicionais de plantas do Planeta (algas, fungos, líquenes, briófitos, plantas vasculares, etc.), sendo o resultado da atividade de botânicos e professores da Academia Politécnica e da Faculdade de Ciências da Universidade do Porto ao longo de mais de 150 anos.
Em dezembro de 2015, o Antigo Museu de Ciência da Universidade do Porto fundiu-se com o Antigo Museu de História Natural da Universidade do Porto, dando origem ao Museu de História Natural e da Ciência da Universidade do Porto (MHNC-UP).
O MHNC-UP tem como missão fundamental promover a difusão do conhecimento sobre a evolução, diversidade e a convergência entre o mundo natural e cultural.
Neste momento, com exceção do Jardim Botânico do Porto e da Galeria da Biodiversidade - Centro Ciência Viva, as instalações do MHNC-UP encontram-se encerradas ao público, no contexto do profundo processo de requalificação de espaços, reabilitação de coleções e redefinição de discurso museográfico em curso na U.Porto.
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